南通大学医学院是南通大学规模最大的二级学院，前身为南通医学院，渊源于1912年民族实业家、教育家张謇先生创立的南通医学专门学校，至今已有90多年的办学历史。2004年原南通医学院、南通工学院、南通师范学院组建南通大学，原南通医学院分设为南通大学基础医学院、临床医学院等学院，2006年9月，原南通大学基础医学院和临床医学院合并组建南通大学医学院。回顾近百年的办学历史，南通大学医学院续衍着悠久而厚重的文化底蕴，谱写着光辉而艳丽的育人篇章、秉承着“祈通中西，力求精进”的人文精神。
    学院设有人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生理学教研室、病理学教研室等12个基础医学与医学人文学教研室，设有诊断学教研室、外科学总论教研室、内科学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室等23个临床医学教研室，设有人体解剖学实验室、机能学实验室、形态学实验室、外科学总论实验室、诊断学实验室等8个实验室，设有眼科研究所、骨科研究所、基础医学研究中心、神经生物学研究所、神经免疫学研究所、免疫学研究室、食品药品毒理药理学研究室、肾脏病研究室等12个研究所和研究中心。
    学院现有江苏省高校国家重点学科培育点1个，省级重点学科1个，江苏省高校建设重点学科2个，省级“135”医学重点学科1个，省级“135”医学重点建设学科1个，江苏省临床医学重点专科9个，江苏省优秀学科梯队2个。有1个联合培养博士点，2个一级学科硕士学位授权点、26个二级学科硕士学位授权点。
    近年来我院获各级各类科研项目和临床医学研究项目经费总额3000余万元，有国家“863”课题1项，国家自然科学基金课题5项，省部级自然科学基金课题41项，市校级自然科学基金课题47项，全院获省、市级科技进步奖44项，学院还获得国家发明专利授权2件。自2003～2006年12月，学院以第一作者和第一作者单位发表SCI论文48篇。学院有省部级等教学研究和教学改革的课题和项目14项。2004年曾获省级优秀教学成果一等奖1项。学院协办《中华医学教育杂志》，是《中国高等医学教育》的会员单位。
    改革开放以来，学院开展了广泛的对外交流与合作。学院已与美国、日本、德国、澳大利亚、印度、巴基斯坦等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，聘请了一批知名专家、学者担任学院名誉教授、客座教授。同时，学院也先后派出了30余多人次的教师出国交流访问、留学进修。
    学院有一支教学经验丰富、医疗技术精湛、学术水平较高的师资队伍，正高职152人，副高职190人，另外还有一大批兼职教师。其中博士生导师6人，硕士生导师148人。学院现有临床医学（含眼耳鼻喉科学、儿科学、临床病理学、医学信息学、全科医学、眼视光学)、口腔医学、医学影像学（含医学影像技术)、康复治疗学、药学等12个本科专业和专业方向。医学全在线www.med126.com
    目前我院全日制在校生3764人，其中本科生2984人，硕士生641人，留学生139人。在长期的办学实践中，秉承“祈通中西，力求精进”的校训，强调对学生的基础理论和创新能力的培养教育，注重人文知识教育，拓宽学生的知识面，大力加强学生的实践教育，培养学生的动手能力。学院的毕业生素以基础扎实、实践能力强、勤奋实干而著称。毕业生遍及全国各省市，为我国的医疗卫生事业作出了贡献，受到了社会的肯定和广泛的赞誉，他们中的一大批人已成为医疗、科研、教学和管理的中坚。