当人类迈进21世纪门槛的时候，人类基因组计划已告完成，后基因组时代已现端倪，生命科学的飞速进步不断推动着人类对自身健康和疾病的认识，人口与健康领域成为国际上生命科学研究最为集中、进展最快的一个领域。同时，随着我国经济社会的发展,人们的生活条件和生活方式发生了深刻的变化，13亿人民对健康与医药的战略需求亟待依靠生命科学来满足。在国家药物与人口健康领域战略需求与世界生命科学前沿发展不断交汇的时代背景下，按照中国科学院党组的重大决策，1999年7月中国科学院上海生命科学研究院（以下简称为“上海生科院”)应时代潮流的挑战而诞生了。她秉承了中国科学院沪区8个生物学研究机构半个多世纪的优良传统，成为中国科学院知识创新工程首批试点单位之一。
上海生科院的使命是在中国建设一个国际先进水平的“药物与人口健康自主创新核心”，使之成为产出“一流成果、一流效益、一流管理、一流人才”的生命科学研究机构，促进我国生物技术产业发展基地，以及生命科学与生物技术高级人才培养基地。在我国药物与人口健康自主创新体系中发挥骨干引领和示范带动作用，为提高我国疾病防控能力、人民健康水平、促进医药产业发展不断做出基础性、战略性和前瞻性的重大创新贡献。
上海生科院成立7年来，一直按照中科院党组的精神全力以赴地建设着这个核心基地:
——运用整合、新建、转制、搬迁等各种研究机构深化改革方式，完成了原来8个生物学研究机构的体制改革和结构调整，组成4个研究所和1个转制企业；在中科院的支持下又适时地进行新的战略布局，以几乎是一年一个的速度新建了4个研究所和1个多学科交叉研究中心；
——凝练提升了科技创新目标，调整了学科布局和科研结构，吸引、凝聚和培养了一批高水平科技人才，造就了一支具有创新能力的科技队伍；
——大力推进跨所合作和国际国内合作，推进原始创新，实施以知识产权产生、保护、经营和管理为核心的技术转移战略，科研事业快速健康发展，科技自主创新能力显著提升，取得了一批原始创新成果；
——以人为本大力推进创新文化建设，树立“以科教兴国为己任，以创新为民为宗旨”的科技价值观，倡导“砺志求真，笃学明德”的核心理念，率先推行科研道德行为准则，营造了以“合作交流”为底蕴、有利于科技创新的文化氛围。
7年来，我们始终坚持正确处理改革、发展与稳定的关系，把有利于科研、有利于人才培养和使用、有利于为国家经济社会发展作贡献的“三个有利于”作为一切工作方针的判据，针对发展的不同阶段和具体环境条件，先后提出和实施了相应的工作总方针，起步期实行“对内稳固，对外拓展”，巩固期实行“巩固、提升，合作、交叉”，跨越期将实行“抓基地，建平台，创一流”。
上海生科院是由原中国科学院上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海生理研究所、上海脑研究所、上海药物研究所、上海植物生理研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心等8个生物学研究机构经过结构调整、体制创新而组建成立的。中国科学院国家基因研究中心、上海生命科学研究中心、中国科学院上海实验动物中心、中国科学院上海文献情报中心等也先后整建制并入。上海生命科学研究院的学术传统、学术积淀有着50多年的历史，这里人才辈出，诞生过世界生命科学史上具有里程碑意义的成果——世界上首次全人工合成结晶牛胰岛素、酵母丙氨酸转移核糖核酸，创制了我国第一个被国际公认的创新药物“蒿甲醚”，首次完成蟾蜍卵母细胞的人工单性繁殖等。有关研究所还曾率先在国内开展以基因工程为主的现代生物技术研究。
抚今追昔，我们无限景仰前辈贤哲在这里开创现代生命科学研究事业的远见卓识，钦佩几代科学家在这里的开拓耕耘，感谢历届院所领导、全院同仁和研究生为上海生命科学研究院改革、建设和发展所做出的无私奉献！
上海生科院现有8个研究所和4个支撑单元，分别是生物化学与细胞生物学研究所、神经科学研究所、药物研究所、植物生理生态研究所、健康科学研究所、营养科学研究所、上海巴斯德研究所和中科院－马普计算生物学伙伴研究所，以及中国科学院上海生命科学信息中心、中国科学院上海交叉学科研究中心、上海中科伍佰豪生物工程研究发展有限公司、上海实验动物中心。她已经成为了我国生命科学领域大型综合性国立研究机构。
上海生科院聚焦科技创新活动于以下重点研究领域：功能基因组、蛋白质组和生物信息学，生物大分子的结构、相互作用及功能，细胞活动的分子网络调控，脑发育与脑功能的分子与细胞机制，防治重要疾病的新药研究开发、中药现代化以及药物研究的理论和方法，植物分子生理和植物与环境的相互作用，生物技术的创新和应用，生物医学转化型研究，现代营养科学，病毒学与免疫学，计算生物学，以及生命科学与其他学科的交叉。
在知识创新工程三期，上海生科院将围绕建设“药物与人口健康自主创新核心”，跨所部署创新药物、重大疾病诊治、生物技术产品研究等三大研究计划，建设和完善创新药物研发、疾病系统生物学研究、工业生物技术研发等三大技术平台。
——创新药物研究计划瞄准“出新药”目标，将针对严重影响我国人民健康的重大疾病建立完整的药物创新体系；重大疾病诊治研究计划将开展疾病的发病机理、新诊断标记物、预防与干预研究等，为疾病的诊断和防治提供新思路、新手段、新途经；生物技术产品研究计划将重点研发生物类药、营养干预、生物质能源和医用原料等。目前，围绕“三大研究计划”已经优选了8个重大研究方向，即创新药物研发，中药现代化，干细胞的研究与应用，糖尿病的发病机理与防治，神经退行性疾病的发病机理与防治，艾滋病等新生传染性疾病的发病机理与防治，肿瘤的发病机理与防治，工业微生物的研究与应用等。
——创新药物研发平台将进一步完善国家新药筛选中心、药物发现与设计中心、中药现代化中心等，重点建设药效评价中心、药物代谢中心、安全性评价中心、分析中心，建设药物制剂中心、药物质量控制中心等；疾病系统生物学研究平台将进一步提高基因组平台、蛋白质组研究平台、生物信息学研究平台的技术支撑能力，新建代谢组研究平台和计算生物学平台，实现各组学研究的对接；工业生物技术研发平台将完善和建设基因克隆表达平台、动物细胞表达平台、多肽合成平台、工业微生物发酵平台、生物催化与转化平台、抗体平台和蛋白质分离纯化平台等。
重点实验室是聚集高水平科技人才，开展科学前沿探索，贡献科技创新成果的重要基地。现有3个国家重点实验室：分子生物学国家重点实验室，新药研究国家重点实验室，植物分子遗传国家重点实验室；4个中国科学院重点实验室：分子细胞生物学重点实验室，神经生物学重点实验室，蛋白质组学重点实验室，干细胞重点实验室。
