围绕知识产权与科技成果产业化，上海生科院实施了五大战略：促进技术转移战略、发展企业集团战略、院地共建孵化器战略、培养研发人才战略、建设生产基地战略等。
上海生科院以世界领先地位为目标看科学创新，以国际竞争力提升看技术创新与发展。坚持分类评价，基础研究坚持质量重于数量的评价导向，逐步推行国际化专家评价制度；研发与产业化工作则坚持市场需求和机制为评价导向。
上海生科院现有职工1810人，科技人员1200余名。其中,中国科学院院士26名，中国工程院院士4名，国家“973计划”首席科学家6人，“国家杰出青年科学基金”获得者44人，国家自然科学基金委创新群体5个，中国科学院“百人计划”入选者93人，包括国外引进81人,国内引进5人，一个 “海外知名学者”团队7人。
上海生科院面向海内外广纳英才。一些外籍科学家走上所长领导岗位。美籍华裔神经科学家蒲慕明教授任神经科学研究所所长，德国科学家乌里·施瓦茨(Uli Schwarz)任交叉学科研究中心主任、美国贝勒医学院教授臧敬五任健康科学研究所所长、美国西弗吉尼亚大学教授史香林任营养科学研究所所长、法国科学家杜文圣（Vincent Deubel)任中科院上海巴斯德研究所所长、德国科学家德乐思（Andreas DRESS)任马普计算生物学研究所外方所长。
上海生科院已成为我国生命科学与生物技术高级人才培养基地。2003年在国家组织的全国一级学科研究生培养质量评估中位居生物学学科第一，2005年被授予“全国优秀博士后科研流动站（生物学)”，2000至2005年先后有9人获全国百篇优秀博士论文奖，2人获全国百篇优秀博士论文提名奖，11人获中国科学院长特别奖学金，41人获中国科学院长奖学金，340人获其他各类奖。实施研究生精品教育工程，邀请美国国立卫生研究院等机构的专家进行授课，《Nature》杂志的评价认为“上海有世界水平的研究生教育”。现有在学研究生1646人，其中博士研究生993，硕士研究生653，博士后78人。此外，还培养生物学与临床医学交叉复合的双博士学位人才和研发研究生。
国际合作成为科技事业发展的重要推动力。上海生科院与德国马普学会共建计算生物学研究所、马普客座实验室、建立青年科学家小组和伙伴实验室，与法国巴斯德研究所和上海市政府共建上海巴斯德研究所，与法国国家科研中心共建中法生命科学及基因组研究中心，与美国加州大学(伯克利)共建分子生命科学研究中心。与瑞士Novartis公司、美国Tanox公司、GSK公司等多家国际大公司等建立了合作实验室。与英国《Nature》出版集团合作实现《Cell Research》加入国际科技期刊发行阵营。与美国NIH、康奈尔大学、加拿大大学健康网络（UHN)、亚太分子生物学网络组织（A-IMBN)等著名机构开展合作研究。积极参与联合国教科文组织、欧洲分子生物学组织及国际脑研究组织等机构的组织工作和学术交流活动。每年主办或承办多次大中型国际学术会议，接待外国科学家来访数百人。
积极拓展国内合作，营造开放的科研体系。参与中国科学院和上海市共建“辰山植物园”，与上海图书馆共建“生命科学图书馆”，与上海有机所共建“化学生物学研究中心”，与大连物化所共建生物大分子联合实验室，与上海交大共建系统生物学研究所，与中国科学技术大学共建系统生物学系，与上海中医药大学建立全面战略合作关系。分别与上药集团、绿谷（集团)共建“中央研究院”、“绿谷研究院”，与浙江省湖州市共建“先进工业生物技术研究中心”等等。
以优质服务为宗旨，上海生科院努力为科研工作提供良好的支撑服务，拥有集文献情报、期刊、学会、档案、网络服务为一体的上海生命科学信息中心，提供方便快捷的数字化信息服务。实验动物中心是我国规模最大、品系最多的啮齿类实验动物繁育和供应基地，也是国家两大啮齿类实验动物种子中心之一。
上海生命科学研究院拥有包括岳阳路、枫林路、重庆路、漕宝路、九亭、浦东张江等在内的六大园区，总占地面积21万平方米，建筑面积15万平方米。正在大力加强园区基础设施和实验室的基本建设，使之十年不落后，五十年可改造，努力达到世界发达国家的中等水平。后勤服务一体化、社会化、市场化的格局已经基本形成，服务质量得到提升。
2000年至2005年，上海生命科学研究院积极承担国家和地方重大科研任务，并自主部署一批“前沿领域项目”。新增主持973项目6项，973计划SARS专项5项，新增主持863及重大专项课题125项。新增承担国家自然科学基金各类项目332项，其中重点项目16项，杰出青年基金项目25项，创新群体5项。承担中科院创新重大项目3项，创新重要方向项目30项。上海市各类项目261项。
2000年至2005年，上海生命科学研究院在人类基因组及其功能研究、植物基因组及其功能研究、脑发育与可塑性基础研究国际前沿研究、创新药物的研发、细胞信号传导研究、新药筛选体系和高通量筛选技术、高等植物重要生理过程的信号传导研究、免疫与临床治疗研究、干细胞基础研究及其临床应用等方面取得了一批重要创新成果，先后在《Science》、《Nature》及其系列、《Cell》及其系列、《PNAS》、《Plant Cell》等杂志上发表高水平论文63篇。每年发表的SCI论文总数居全国科研机构前列，生物学领域第一位。
2000年至2005年，上海生命科学研究院共获得国家、省部委等的科技奖励60项，其中第一完成单位获奖成果38项。获国家自然科学奖二等奖6项（3项为第一完成单位，3项为第二完成单位)，国家科技进步奖二等奖2项（第一完成单位)，国家技术发明奖二等奖1项（第二完成单位)；上海市科技进步奖38项（第一完成单位27项)，其中一等奖11项。
2000年至2005年，上海生命科学研究院申请专利539项，其中发明专利371项；专利授权168项，其中发明专利121项；获得国家新药证书33张，其中一类新药证书3张；获国家新药临床批文45张，其中一类新药证书5张。
展望未来，我们倍感任重道远。未来5年将是我国科学技术大发展的关键机遇期，国家中长期科技发展规划纲要的颁布实施，中国科学院知识创新工程三期的跨越与持续发展，为上海生命科学研究院提供了新的机遇，同时也提出了严峻的挑战。“逆水行舟，不进则退”，上海生科院将牢记对国家和民族所肩负的光荣使命，以提高自主科技创新能力为主线，以“抓基地、建平台、创一流”为工作总方针，建设好“药物与人口健康自主创新核心”，努力在我国生命科学与生物技术大发展中发挥骨干引领和示范带动作用，为满足我国医药与人口健康领域战略需求做出无愧于时代的贡献。
