| 代码 | 单位 | 代码 | 单位 | 代码 | 单位 | 代码 | 单位 |
| 01 | 基础医学院 | 06 | 天然药物药理重点实验室 | 11 | 第三附属医院 | 16 | 成都军区昆明总医院 |
| 02 | 口腔学院 | 07 | 神经科学研究所 | 12 | 第四附属医院 | 17 | 昆明市第一人民医院 |
| 03 | 公卫学院 | 08 | 健康研究所 | 13 | 昆明医学院附属昆华医院（云南省第一人民医院) | 18 | 中国医学科学院昆明医学生物研究所 |
| 04 | 法医学院 | 09 | 第一附属医院 | 14 | 昆明医学院附属延安医院（昆明市延安医院) | 19 | 云南省疾病预防控制中心 |
| 05 | 药学院 | 10 | 第二附属医院 | 15 | 昆明医学院第六附属医院（玉溪市人民医院) | 20 | 云南省药物依赖研究所 |
