南京医科大学药学院创建于2002年6月。药学院由药理学系（省重点学科，全国临床药理基地、江苏省产学研研究生联合培养基地)和毒理学系（省重点学科)发起，从国内外引进药物化学、药剂学、药物分析学、生化药学、生物技术、天然药物学等学科的高层次人才，整合原基础医学院化学教研室并联合江苏省人民医院药剂科，经过4年的建设，药学院已初步建成教研相长的教学研究型学院框架，初步建立生物医学型的药学教育模式，坚持面向临床，服务经济建设的办学宗旨。
 
　 
 
　 学院起初设有临床药学、基础药学、药学、药政管理、医药贸易五个药学专业方向，2005年起改设临床药学和药学两个专业方向，近几年招收各类本科生559人。学院于2005年获得国家药学一级学科硕士学位授予权。药理学为博士学位授予点。已招收博士、硕士生30名。
  
 
　 学院现有教职员工51人，其中教师35人，实验室技术人员9人，专职行政管理人员7人。教师中正副教授（相当职称)10人，博导1人、硕导7人，具有博士学位者8 人，硕士学位者 21人，硕士生以上学历教师占80%，另有兼职正副教授12人。
　  
 学院现有9个教研室，分别为基础化学、有机化学、分析化学、物理化学、药剂学、药物化学、药物分析、药理学（临床药理)、天然药物教研室。2004年9月，省级重点实验室——江苏省基因药物技术中心在药学院成立。学院应用药物研究所和药物分析测试中心于2005、2006年分别成立。学院化学与药学综合教学实验室建设在江宁新校区。 医学全在线网站www.med126.com
 
　  
　 学院在江宁校区已建成8个高标准的化学教学实验室和1个化学科研实验室、2个天平室和1个教学电脑室。建筑面积近2000M2。在五台校区，建成6个药学科研实验室和1个化学科研实验室，建筑面积600多M2。已投资的仪器设备费和基本设施费约500万元，配备有高效液相色谱、气相色谱、紫外扫描仪、红外分光光度计等大型教学仪器。 
   
　 建院四年来，学院共承担纵向科研项目13项，其中国家自然科学基金项目2项，省级项目11项，获科研经费150万元，发表论文63篇，其中被SCI收录论文18篇。同时，全院教职员工以自己的知识积极为社会服务，科技服务开发也取得一定成绩，科技开发经费已累计500多万元。
 
　 　
 学院在近三年发展的总体目标是：逐步突出临床药学品牌，稳定招生规模，促进科学研究和科技开发，继续引进药学高端人才，为学院在“十一五”的跨越式发展奠定坚实的基础。