公共卫生学院原名公共卫生系。1950年5月，在北京大学医学院公共卫生科的基础上扩建成为北京大学医学院公共卫生系。1952年在全国高等院系调整中成立北京医学院，保留公共卫生学系。1956年更名为北京医学院卫生系。于1985年6月更名为北京医科大学公共卫生学院。

　　1950年建系时的系主任是严镜清教授（兼北京公共卫生局局长)，当时只有7名教师。1952年教师人数增至30余人，1966年之前全系教职工总数近百人。现在全院共有教职工181人，其中教授、研究员34人；副教授、副研究员32人；讲师、助理研究员、主管技师63人；助教44人；行政人员6人，其他人员2人。

　　建系初期建立的学科有：卫生行政科（科主任安笑兰)；流行病科（科主任林宗扬)；妇幼卫生科（科主任叶恭绍)；实用营养科（科主任俞锡旋)；生物统计科（科主任李光荫)；卫生教育与学校卫生科（科主任王锦江)；工业卫生科（科主任张书珍)。1954年参照前苏联莫斯科第一医学院公共卫生系，把原来的七个学科改为七个教研室，即：一般卫生学、流行病学、环境卫生学、劳动卫生学、营养卫生学、学校卫生学、保健组织学。1960年经卫生部批准，将学校卫生学改为“儿童少年卫生学”，以后保健组织学又改为“卫生统计学”。1982年经上级批准建立“环境医学研究所”和“儿童青少年卫生研究所”。1983年经上级批准建立“社会医学与卫生事业管理教研室”。1985年11月建立“卫生管理干部培训中心”，当时由王天根兼任该中心主任。1993年经卫生部批准，建立“公共卫生管理研究所”医学全.在线.网.站.提供。

　　文革后我院发展为12个教研室，1个系，3个研究所和2个中心。分别是劳动卫生学教研室、环境卫生学教研室、营养卫生学教研室、卫生毒理学教研室、流行病学教研室、卫生统计学教研室、卫生化学教研室、预防医学教研室、儿少卫生教研室、妇幼学系、院中心仪器室、保健流行病研究室；儿童青少年卫生研究所、环境医学研究所、公共卫生管理研究所。社会医学与管理干部培训中心、中国妇婴保健中心。

　　2000年4月北京医科大学并入北京大学成为北京大学医学部，公共卫生学院变更为北京大学公共卫生学院。随着教育体制改革，公共卫生学院积极进行学科方向与功能的重组与定位，以适应21世纪公共卫生教育事业发展的需要。经过专家研讨形成新系科：流行病学与卫生统计学系（胡永华任主任)；妇女与儿童青少年卫生学系（王燕任主任)；劳动卫生与环境卫生学系（郭新彪任主任)；毒理学系（周宗灿任主任)；营养与食品卫生学系（刘毅任主任)；卫生政策与管理学系（李立明任主任)；院中心仪器室（王耐芬任主任)医学全.在线.网.站.提供。

　　我院原来只有卫生专业，1985年改称为预防医学专业。1983年增加了卫生事业管理干部专修科，招收三年制大专班。1987年开始招收卫生事业管理专业本科生，学制五年。1990年增设妇幼卫生专业，1991年开始招收妇幼卫生专业学生。公共卫生学院现每年招收本科生约80名，培养专业方向为3个：预防医学专业、社会医学与卫生事业管理专业、妇幼卫生专业。现有博士点4个，分别是：劳动卫生学、流行病学、儿少卫生学、卫生毒理学。博士导师7名。硕士点6个，分别是环境卫生与劳动卫生学、流行病与卫生统计学、儿少卫生与妇幼卫生学、卫生毒理学、营养与食品卫生学、社会医学与卫生管理。硕士导师38人。预防医学专业专科函授生约300名、卫生事业管理专业专科生（夜大学)约30名。自1950年建系以来共培养学生5000多名。