中国科学院微生物研究所于1958 年12 月3日由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立。半个多世纪以来, 研究所已发展成为我国微生物学研究领域中学科齐全、水平最高的国家级研究机构。现有在职职工人数430余人, 其中中国科学院院士6 人；在学研究生370人，在站博士后50人及部分客座人员。
以微生物所第一任所长戴芳澜院士以及邓叔群院士、阎逊初院士为代表的老一辈科学家, 是我国真菌学、放线菌分类学的创始人和奠基人,他们的研究成果和经典著作至今仍在微生物学界具有很高的权威性; 以方心芳院士为代表的老一辈工业微生物学家为我国微生物发酵产业作出了奠基性贡献。多年来, 我所科学家在植物病毒、医学与动物病毒以及免疫学研究方面在国际国内做出了自己的特色, 颇有造诣。
微生物所根据发展战略和长远目标, 确定了以微生物资源、微生物生物技术、病原微生物与免疫为主要研究领域，旨在建立从微生物资源开发、功能改造、技术创新到成果转化的自主研发体系，创建世界一流的微生物学研究中心和微生物生物技术研发基地，为建设创新型国家、推动国民经济和社会可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。
目前微生物所设有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室( 与遗传与发育生物学研究所共建)、中国科学院真菌地衣系统学重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室和工业微生物与生物技术研究室。拥有亚洲最大的含48万号标本的菌物标本馆和国内最大的含3.7万多株菌种的微生物菌种保藏中心，建有微生物菌种与细胞保藏中心、微生物资源信息管理平台、大型仪器中心和生物安全三级实验室等技术支撑平台，拥有藏书（刊)6万余册的专业性图书馆。
在微生物所挂靠的单位有中国微生物学会、中国菌物学会、中国生物工程学会。微生物所与上述有关学会编辑共同出版的学术刊物有《微生物学报》、《微生物学通报》、《菌物学报》及《生物工程学报》。
