学校现有直属附属医院1所、非直属附属医院8所。其中，直属附属医院——江西省中医院为三级甲等中医医院，是国家食品药品监督管理局中药临床药理研究基地、国家中医药管理局中西医结合急诊中心。该院拥有国家中医药管理局重点学科1个，国家中医药管理局重点中医专病专科3个，江西省医学领先专业2个、江西省中医治疗中心5个。学校拥有一支具有较强科技实力和创新能力的教学科研队伍，在科学研究和教育教学改革研究方面成效显著，《中药药理研究方法学》获得国家科学技术进步三等奖，《高等中医药院校实验教学改革与实践》项目获得国家级教学成果二等奖。近三年，全校教师主持承担省部级以上科研项目90项，其中，国家重点基础研究发展计划（973计划)、“十一五”科技支撑计划、国家自然科学基金、国家高技术研究发展计划（863计划)等国家级项目31项。获得各级各类科技奖励25项、专利授权42项、新药证书（批件)11项。
在教学研究方面，近三年，共承担省级以上教育教学改革课题149项，获得省级教学成果奖8项，省级教育科学优秀成果奖1项。同时，我校在新药、健康功能食品的研究开发和产业化发展方面一直走在全省高校乃至全国中医药院校的前列，已累计为企业开发上百个品种的医药产品，有些已成为市场名牌产品，如复方草珊瑚含片、健胃消食片等。据统计，我校研制开发的产品中，有6个产品实现了单品种年销售额超亿元，为江西地方经济的发展做出了突出贡献，得到科技部、教育部、国家中医药管理局以及中共江西省委、省政府的高度评价。学校研制的“槐定碱注射液”获得国家一类化学新药证书和生产证书，成为我国为数不多的具有自主知识产权的一类创新药物，填补了江西省空白。学校现有校办工业企业3个，其中，江中（制药)集团公司总资产已达18亿元，居全国高校校办产业前列。40多年来，学校形成了鲜明的“产学研”结合办学特色。
