首都医科大学生物医学工程学科1978年创建并试点招生；1987年建系，开始正式招生，2001年成立学院。根据学校战略发展规划，按照一级学科建院，二级学科建系，突出重点，用足资源，特色鲜明的学院发展与建设指导思想，从现在开始至2020年，生物医学工程学院的基本构架是三个办公室和五个学系，它们是：生物力学与康复工程学系，临床工程学系，生物医学仪器学系，生物医学信息学系，医疗器械工程行政管理学系，学院办公室，教科办公室和学生办公室。
本科教育：现有两个专业，在生物医学工程专业下增设了三个专业方向，它们是听力学专业方向、医学影像设备与技术专业方向和医疗器械质量监督技术专业方向，与民政部合作开办的假肢矫形工程专业将通过人才培养推动我国该产业的发展，进而提高肢体残障人群的生活质量。
研究生教育：学院现有生物医学工程、生物物理学和计算机应用技术三个硕士学位授予点，一个生物医学工程博士学位授予点。已培养了大量基础扎实、知识面广、适应能力强的高级生物医学工程人才，学生就业的主要去向为研究机构、医院、大的医疗器械企业和政府相关的管理部门等。
生物医学工程学院除开展专业教育以外，还承担着学校各专业各层次的理工类课程教学，学院特别注重开展面向非工科类学生的教育教学改革，现在，生物医学工程学院是卫生部本科规划教材医学统计学、医科院校研究生规划教材计算机基础的主编单位，医用高等数学、医用物理学的参编单位。学院教育教学改革成果与学校其他资源一起为多科性医学教育创造了良好的人才培养文化和科技氛围。
首都医科大学生物医学工程学科是北京市重点建设学科，学院特别注重依托我校具有的国家生命科学人才培养基地、国家和北京市重点学科医学全在线www.med126.com、充分利用丰厚的基础医学和临床医学资源积极开展工作，理工学科与生物医学紧密结合，基础与临床紧密结合是我院生物医学工程研究与技术开发的特点。从早年的关幼波肝病中医专家系统、基于神经网络的嗅觉和视觉的生物控制研究到现在的医学图像处理、数字化虚拟人体研究与应用、闭角型青光眼致盲机理和颅内动脉瘤破裂风险的生物力学解释、骨科治疗技术与器械研究、生物信息学研究、血管与神经的组织工程学研究、听力学筛查与康复训练装置和适合中国国情的康复工程产品开发等在生命过程认识和临床诊疗与康复水平提高方面做出了贡献。学院现有863、国家自然基金等多项在研项目，近年先后获得多项国家级和省部级等科技成果奖项。
学院先后与美国约翰.霍普金斯大学、匹茨堡大学、西北大学、加州大学、香港理工大学等建立了交流与合作关系，与国内清华大学、中国科学院生物物理研究所、自动化研究所等单位有良好的合作关系；作为我校客座教授和生物力学研究中心名誉主任的美国约翰．霍普金斯大学赵以甦教授捐资设立的“亚洲骨科教学与研究基金会奖学金”对学院的生物力学学科发展与建设做出了贡献，钱煦教授、洪庭侃教授等知名学者的悉心指导为我们的学科发展与建设起到了积极的促进作用医学.全在.线www.med126.com。我学院是中国生物医学工程学会、北京生物医学工程学会的理事单位、中国生物医学工程学会医学物理分会的副理事长和挂靠单位、中华医学会医学工程学分会的主任委员和挂靠单位、国家教育部生物医学工程本科教学指导委员会委员单位、教育部高等医药院校现代教育技术与计算机教学指导委员会的主任委员和挂靠单位，和全国高等现代计算机基础教育研究会医学计算机教育分会的主任委员和挂靠单位。
学院现有用于教育与研究的设备总金额已经超过1200万元，学科已被确定为学校重点建设的特色学科，不断加大的资金投入将使学科在不久的将来成为以生物医学仪器、医学图像处理、生物力学与康复工程、生物信息学、听力学、生物医学信号处理、临床工程技术等为基本构架的生物医学发展的工程技术支持平台。
学院现有教职员工83人，师资力量雄厚，青年教师100%具有硕士或博士学位。
首都医科大学生物医学工程学院已经成为我国生物医学工程高级人才培养的重要基地，是我国生物医学工程学科发展与建设的重要力量，我们欢迎国内外志士仁人加入到我们的队伍中或与我们合作，学院将坚持基础为临床服务、工程技术为生物医学服务的原则，搞好教学和科研建设，立足首都，服务全国，面向世界，努力为建成国际知名国内一流的首都医科大学贡献力量。
