东垣指出“易水张先生云：仲景药为万世法，号群方之祖，治杂病若神。后之医者，宗《内经》法，学仲景心，可以为师矣。”足见李东垣确是博通古今，厚积薄发之人；也说明在中医领域内，想要成名成家者都必须有极为坚实的功底，较为开阔的知识视野，并能师古而不泥古，继承中有创新，有发展。在《内外伤辨惑论》卷中《饮食劳倦论》一节中，李氏明确指出：“苟饮食失节、寒温不适，则脾胃乃伤；喜怒忧恐，劳役过度，而损耗元气。既脾胃虚衰，元气不足，而心火独盛。心火者，阴火也。起于下焦，其系系于心。心不主令，相火代之；相火，下焦胞络之火，元气之贼也。火与元气不能两立，一胜则一负。脾胃气虚，则下流于肾肝，阴火得以乘其土位。”这里，李东垣用了相当多的笔墨解释了他个人独创的脾胃内伤疾病病因病机理论中一个十分关键的概念――“阴火”。此外，李东垣所说的“阴火”，实际上是指相火。相火与元气是相对立的，元气充沛，则相火潜藏，而发挥正常的生理作用，这就是“气食少火，少火生气”的对立统一；元气不足，则相火妄动而发生病变，使得“少火生气”的对立统一受到破坏，即所谓“壮火散气”。
脾胃内伤疾病的另外一个方面的病理变化就是升降失常。脾胃居于中焦，是精气升降运动的枢纽，升则上输于心肺，降则下归于肝脾，因而只有脾胃健运，才能维持正常的升降运动。内伤疾病既然都有脾胃气虚，所以升降失常也就成为内伤病变的关键，但这一点《内外伤辨惑论》一书直接论述较少，仅在卷上《辨寒热》一节稍有涉及，但在具体遣药用方中涉及较多。
这一点同样是李东垣的难能可贵之处。尽管李东垣十分强调脾胃之气不足、中气下陷、阴火上冲这样的基本病机，并由此创立了补中益气和升阳散火两大治法。但在《内外伤辨惑论》中李东垣在其临床诊疗实践中也注意根据实际情况在正方的基础上进行适当的加减化裁。如本书开篇第一方补中益气汤，方中黄芪后就注明“劳役病热甚者一钱”。东垣在解释其组方用药的意义之后便说：“少加黄柏以救肾水，水旺而心火自降。”其后更是单独用一节专门阐述四时用药加减法。列举补中益气汤30种加减法。还有羌活胜湿汤、升阳补气汤的加减应用等等也都是如此。显示了东垣高超的临床诊疗水平和实事求是的科学精神，也体现了中医药学以辨证论治为基础的原则性和灵活性的完美结合。这里需要特别强调的是，尽管数千年的中医发展历史上曾经出现各门各派，诸家理法方药各不相同，但有一点是可以肯定的，那就是无论某门某派理论上如何创新，方药上多么奇特甚至是怪异，在他们的整体诊疗活动中，一定会以辨证论治为基础和前提。在这个大的原则和前提下，各门各派在具体用药上有各自不同的较为明显的倾向性，就是这些倾向性给后人的继承和发展提供了明确的目标和方向。
总之，李东垣的成就是很大的。他在《伤寒论》的基础上，发展了内伤病学说。正如王履所谓：“东垣李氏所著《内外伤辨》，有曰外伤风寒客邪有余之病，当泻不当补。自此论一出，而天下后世始知内外之伤有所别，而仲景之法，不可例用矣。