《素问·上古天真论》说：“上古之人，其知道者，法于阴阳，和于术数。”中医学的基本理论就是建立在“天文历数”基础上的思辨框架。
　　对中医阴阳学说的影响
　　１.寒暑、昼夜是形成阴阳学说对立交感的基础。阴阳是从天文历法中抽象出来用以标示事物属性的一对哲学范畴。如《周易·系辞》所说：“一阴一阳之谓道。”孤阴不生，独阳不长，阴阳双方必须依据对方的存在而存在。所谓“阴阳者，一分为二也”（《类经·阴阳类》)。《内经》广泛采用“一分为二”的阴阳对立交感的观念来解释人体的解剖、生理、病理、诊断、治则、药理等各个方面的内容。
　　２.春夏秋冬四时是形成阴阳学说互根互用观的基础。四时阴阳阐述了阴中有阳，阳中有阴，阴阳双方不断资生，互为利用的老少阴阳观。《素问·金匮真言论》说：“阴中有阴，阳中有阳，平旦至日中，天之阳，阳中之阳也，日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也，合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也，鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。”《素问·四气调神大论》也说：“逆春气，则少阳不生，肝气内变。逆夏气，则太阳不长，心气内洞。逆秋气，则太阴不收，肺气焦满。逆冬气，则少阴不藏，肾气独沉。夫四时阴阳者，万物之根本也，所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。”以四时阴阳配属四脏是《内经》天人合一，人副天数的具体应用。
　　３.六节、六气是形成阴阳学说三阴三阳循环恒动的基础。《素问·阴阳离合论》说：“三阳之离合也，太阳为开，阳明为阖，少阳为枢，三经者，不得相失也，搏而勿浮，命日一阳……三阴之离合也，太阴为开，厥阴为阖，少阴为枢，三经者，不得相失也，搏而勿沉，名曰一阴。阴阳 ，积传为一周。”阳消则阴长，阳杀则阴藏，一年之中，太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴六气更叠，生生不息，循环不已。中医学的整体恒动观完全是建立在这种三阴三阳的不停地消长循环的基础之上。
　　４.八正、八风是形成阴阳学说中时空统一观的基础。《素问·八正神明论》说：“星辰者，所以制日月之行也，八正者，所以候八风之虚邪，以时至者也。”《灵枢·九宫八风》、《灵枢·岁露论》是八正、八风的时空观在中医学中的具体应用，详细阐述了“四时八风之中人”的病因、病机、病候、治则，用以说明“人与天地相参也，与日月相应也。”
　　对中医藏象学说的影响
　　《内经》藏象学说是在天文历法的先验模式框架基础上构建的，经历了一个漫长的过程。正如《春秋繁露·为人者天》所言：“人之形体，代天数而成。”《春秋繁露·人副天数》也说：“身犹天也，数与之相参，故命与之相连也。”天者，天文也，数者，历数也。《灵枢·本脏》说：“五脏者，所以参天地，副阴阳而连四时，化五节者也。”藏象学说为了满足不同时期，不同流派的天文历数，形成了不同的体系。其中藏象已经从脏腑抽象为一个功能系统的代名词，而不是某个具体的器官。
　　１.四时藏象理论。《素问·四气调神大论》建立起了一个四时阴阳与藏象之间的对立关系和理论框架。在此基础上形成了四时阴阳与藏象之间的普遍联系，并广泛应用于解剖、生理、养生、发病、病候、诊断、治疗等各个方面。《素问·经脉别论》说：“府精神明，留于四藏，气归于权衡。”四脏为肝、心、肺、肾以应春、夏、秋、冬。
　　八卦藏象理论是在四时藏象理论的基础上发展和完善的。此时的脾同胃、大肠、小肠构成四腑。《易传·说卦》言：“乾为小肠、坤为脾、震为肝、艮为大肠、离为心、坎为肾、兑为肺、巽为胃。”《灵枢·九宫八风》中八风与脏腑的对应关系完全与《易传》相同，由此可以看出二者的渊源关系。南方名大弱风，伤心；西南方名谋风，伤脾；西方名刚风，伤肺；西北方名折风，伤小肠；北方名大刚风，伤肾；东北方名凶风，伤大肠；东方名婴儿风，伤肝；东南方名弱风，伤胃。
　　２.五行藏象理论。五行脏象学说是在四时藏象学说基础上根据五行属性发展和完善的。
　　（１)“脾属土”说取代“心属土”说：古文经学所论的五脏与五行的配属为：脾配木、肺配火、心配土、肝配金、肾配水，仅肾配水和《内经》记载一致。把脾配属土，居中为阴中之至阴，取代心的位置，在当时的学说界，特别是社会伦理学中引起过强烈争议。最后以医学战胜伦理，奠定了五行藏象学说的基础，构建了以五脏为核心，以五行为框架，联系时间空间等不同层次的多维藏象理论和庞大的立体天人系统，成为中医学理论的核心内容之一。
　　（２)五脏五腑十脏藏象理论：《素问·五脏别论》说：“夫胃、大肠、小肠、三焦、膀胱，此五者，天气之所生也，其气象天，故泻而不藏，此受五藏之浊气，名曰传化之府”。五脏与五腑的对立关系为：心配小肠，肝配三焦，脾配胃，肺配大肠、肾配膀胱。
　　３.六节藏象理论。六节藏象理论是在六爻历的天文历数模型基础上构建起来的藏象学说。
　　（１)六脏说：《内经》对六脏的构建熬费苦心，做过多种模式。①“嗌六脏说”。《素问·阴阳应象大论》曰：“惟贤人上配天以养头，下象地以养足，中傍人事以养五脏。天气通于肺，地气通于嗌，风气通于肾，雷气通于心，谷气通于脾，雨气通于肾，六经为川，肠胃为海。”此处以六气天地风雷谷雨配六脏肺嗌肝心脾肾，嗌似指食管而言。②“膻中六脏说”。《素问·灵兰秘典论》曰：“膻中者，臣使之官，喜乐出焉”。膻中作为一脏与心肝脾肺肾构成六脏。③“头六脏说”。《素问·诊要经终论》以六脏六腑配十二经十二月，说：“五月、六月天气盛，地气交，人气在头。”把头作为一脏与其它五脏构成六脏。④“心胞六脏说”。《灵枢·经脉》以心胞为脏与六腑十二经相配。以上种种说法都是古人为了配属六爻历的先验图式而作的努力。
　　（２)六腑说：六腑在《内经》中也有多种不同说，最后才形成了公认的“六腑”——胃、大肠、小肠、三焦、膀胱、胆。①奇恒之府说。“脑、髓、骨、脉、胆、女子胞，此六者，地气之所生也，皆属于阴而象于地，故藏而不泻，名曰奇恒之府。”（《素问·五脏别论》)②“脉头背腰膝骨”六腑说。《素问·脉要精微论》说：“夫脉者，血之府也……头者，精明之府也……背者，胸中之府……骨者，髓之府。”③“魄门”六腑说。《素问·五脏别论》说：“魄门亦为五藏，使水谷不得久藏。”魄门即肛门，与胃、大肠、小肠、三焦、膀胱传化之府共同构成六腑。④“六器”说。《素问·六节藏象论》说：“脾胃大肠小肠三焦膀胱者，仓禀之本，营之居也，名曰器，能化糟粘，转味而入出者。”把脾列为六府之一。⑤“胆为六腑”说。《素问·六节脏象论》把奇恒之府的胆与传化之府合称“六腑”，六腑从此正式稳定下来。
　　（3)十二脏腑藏象理论。《素问·灵兰秘典论》：“愿闻十二藏之相使”、“凡此十二官不得相失”。在六脏六腑基础上为了人副天数之十二月，形成了五脏加膻中，五腑加胆的六脏六腑，十二官藏象学说。《灵枢·经脉》则将膻中改为心包。
　　4.五脏六腑十一藏象理论。五脏六腑十一脏是五运六气历图式人体的产物。《汉书·律历志》有：“日有六甲，辰有五子，十一而天地之道毕，言终而复始”。这种“天六地五”的常数构筑了中医的“五脏六腑”藏象理论。正如《白虎通》说：“人有五脏六腑，何法？法五行六合也。”
　　（1)“凡十一脏取决于胆”（《素问·六节脏象论》)。胆是奇恒之府中的一府，今取其一配属五脏五腑，使其成为“五六”之数以应“五运六气”之天地常数。由十脏变为十一脏，胆起到了关键作用，所以说“凡十一脏取决于胆”。
　　（2)“三焦者，中渎之府也，水道出焉，属膀胱，是孤之府也。”（《灵枢·本输》)五脏六腑十一脏不成对称，胆的进入，使原先五脏五腑的工整性被打破。原先与肝相配的三焦被胆所取代，三焦成为无脏相配属的孤府。为了解决这一缺憾，从三焦的功能出发，三焦为决渎之官，主水道，与膀胱关系密切；又由于肾主膀胱，因而肾便担负起了一脏配属两腑的功能。《灵枢·本输》称此为：“肾将两藏”。《灵枢·本脏》说：“肾合三焦膀胱。”