程门雪在中医学术上有深邃造诣，对古今医学名著和历代各家学说均致力研究。主张破除门户之见兼收并蓄各家之长，反对对前人论著未经深入钻研即妄加评议的不良学风。提倡善于读书，在“化”字上下功夫，以达到能用而不为所惑的境地。提出许多对中医学术发展具有重大意义的论点。
一、审慎评论原著，批判继承遗产
程氏非常重视对古籍原著的批注，曾多次反复批注《伤寒论》、《金匮要略》等，在批注时提倡以特别认真审慎态度进行推敲，认为人的见解会随着时间的推移而起变化的，有当时以为是而后来以为非的，也有当时以为非而后来以为是的，反对急于求成，常告诫学生：“愈欲速而愈不达”。曾例举说：我对《伤寒论·辨厥阴病脉证并治》：“伤寒六七日，大下后，寸脉沉而迟，手足厥逆，下部脉不至，咽喉不利，唾脓血，泄利不止者，为难治，麻黄升麻汤主之。”庚辰批：“麻黄升麻汤之误甚明……方杂不纯，药不符证，其非真无疑。”五年后乙酉批：“前谓此方之误甚明，今觉不然，记于下：此证上热下寒也。因大下之后而至于手足厥逆、泄利不止、下部脉不至，其为下焦虚寒当温之候甚明。所可异者，则咽喉不利、唾脓血一症耳。夫唾脓血可见非虚火迫血之故，与阴盛格阳者不同。况此方合症，更可知矣。此乃寒陷营、寒束热郁之故。故以升麻升提之，石膏、知母、黄芩清之，天冬、玉竹润之，一面更以当归、芍药、桂枝、甘草治其手足厥逆，脉不至，干姜、茯苓、白术治其泄利不止，仿当归四逆、理中之意也。不用附子者，防唾脓血之上热耳。辛凉清润治其上，温通止利治其下，复方亦费苦心，其药似杂乱而实不杂乱，纵非仲师方，亦后贤有得之作，未能一概抹杀也。东垣治吐血有麻黄人参芍药汤一法，即此方上一半之法，可知世固有此等证。然则上实下虚之证，又安能必其无耶？柯氏未之思，遽下断语，不当也。乙酉读此条，得其解，因记其大略于旁。学无止境，勿遽自以为是也，观此可征。”
程氏对学习中医学应如何批判继承认识甚深，认为应当是在批判中寻找继承，在继承中还须批判。认为在渊博的中医学术中每一部分都有精有芜，只有多少之分，没有绝对的精芜，我们认为精华的精华中，就可能有糟粕存在，相反在糟粕的糟粕中，亦可能有精华的发现。指出对中医学术不要妄自菲薄。不但要继承，而且要发扬，应从取其精华方面着手来扬弃糟粕，否则光提糟粕，缓不济急，又不能拿糟粕去治病。
程氏主张对古代论著应根据临床实际选择所需要的东西而反对生搬硬套。如《内经》中的运气学说，每年的寒暑燥湿、太过不及，确与人们的发病，有着密切的关系，但是靠子午卯酉甲乙丙丁来分配五运六气，对人与自然关系是有距离的。程氏认为五行学说的“亢则害，承乃制”，尤其是“制则生化”很有应用价值，对许多慢性疾病是起作用的，但反对滥用五行生克学说。
二、反对门户之见，综合运用寒温二说
程氏一向反对门户之见，强调广纳各家之长。如他曾说：“局方有局方的好处，丹溪有丹溪的好处，景岳有景岳的好处，赵养葵也不是一点好处都没有的，而徐灵胎、陈修园也各有他的好处。譬如徐灵胎批评人参，喻嘉言赞成人参，徐是以清通为主的，他反对的是滥用人参，喻是主张扶正祛邪的，他主张用参，是与疏利药同用。”程氏对明清各家温热学说涉猎殆遍，虽对叶天士学说致力尤勤、体会最深，叶氏辨证和用药规律阐明极多并得心应手充分运用于临床，但仍很注意检查自己在学术上是否会走向片面。如曾说：“我对阴阳五行学说是重视不够的，但许多人认为我对阴阳五行学说太保守，这等于我对伤寒论很重视，许多人认为我是温病派一样，主客观不一致，溯其原因，当然是主观方面自己努力不够，同时客观方面或者也有了解不够的地方。”
程氏对伤寒与温病之争，不仅一般地强调统一、强调综合运用寒温二说，而且还提出许多具体的独特见解。首先在明确指出“伤寒是基础，温病在伤寒的基础上有较大发展”、“卫气营血辨证是六经辨证的发展与补充”的前提下，进而论证说：“伤寒用石膏、黄芩、黄连清热，温病也用石膏、黄芩、黄连清热，没有什么不同。但是温病在伤寒的基础上发展了一个清气热的方法，如金银花、连翘之类；发展了一个凉营清热的方法，如鲜生地、犀角、丹皮、茅根之类。伤寒用下，温病亦用下，不过有轻重、早晚之不同。在神昏谵语方面，温病与伤寒就大不相同了。伤寒谵语多用下，温病增补了清心开窍法，如紫雪丹、至宝丹、神犀丹一类方药，是非常可贵的。”还说：“温病偏重救阴，处处顾其津液；伤寒偏重于回阳，处处顾其阳气。救阴分甘寒生津、重在肺胃；咸寒育阴，重在肝肾，更是一个发展。而叶氏的救阴方法，往往从伤寒反面而来，他用阿胶、生地、菖蒲、童便，也是从伤寒论的白通汤脱胎而来的。”程氏认为伤寒温病有可分也有不可分，是可以统一而综合运用。他曾说：“关于伤寒与温病的统一问题，我至今仍保留我个人的看法。从前对立的看法，不外几点，一说伤寒从表到里，是由皮毛侵入的；温病之气，不从皮毛，主要是口鼻吸入的；因此，伤寒表病之转移，总因表不透或失表早下所致；温邪忌表，只宜清透。一说伤寒足经病多，温病手经病重，伤寒从表入里是横的，温病从口鼻入是竖的，横的分表里、半表里，竖的分上中下三焦，在理论上是很有区别的。但是麻黄汤就有麻杏，麻杏不是手太阴肺经的药吗？伤寒首先讲调和营卫，调和营卫不是指上焦吗？转阳明不是中焦吗？转三阴不是下焦吗？温病的栀豉白虎，就是伤寒的太阳阳明的方法，有多少区别呢？区别的是温病学说补充了伤寒所不足的许多方法。”进而他提出：“我认为寒温二气的不同是可以注意的，寒伤阳，所以伤寒刻刻顾其阳气；热伤阴，所以温病刻刻顾其津液。伤寒热化迟而变化少、温病热化速而变化多”、“既不可能肯定一病之来是伤寒或是温病始终不移，而所用的药物，也是互相错综同用的”、“见热化快而阴伤的，必须从温病学说考虑伤阴；热化迟或反见虚寒症状的，必须从伤寒学说考虑伤阳。灵活运用，不拘一格，在临床实践上确实是如此。所以在原则上来谈问题，应当分，分得越详细越好；在实践上来谈问题，不必分，而且越灵活越好”等主张。
三、学倡深广，尤重运用
程氏一生博览群书，谦虚好学，晚年学识与经验并臻上乘。治疗疑难、危重病人辨证精细、分析周密，立方遣药多甚精当。程氏强调于浩如烟海的古籍中力择其适用于我们所遇病例宝贵的理法。他曾不断赞叹：“中医一门，要学的东西太多了。脑子里放不下许多东西，我是过去主要搞临床治疗的，只要选择我所需要的东西好的，这是我当时的主导思想。”程氏常以《内经》的基本理论、指导其临床实践，每能出奇制胜。如曾治一妇女，素体丰满，去夏浴身时汗出淋漓，浴后骤受风袭，遂即汗出不止、恶风，兼有胃纳不香、胸闷，苔薄，脉濡。即予黄芪、桂枝、白芍、煅龙骨、煅牡蛎、炒白术、鹿衔草、泽泻、陈皮、春砂壳、淮小麦、糯稻根须。服药五剂，诸症大瘥，续于五剂，基本痊愈。此方用鹿衔草等药即取自《内经》方。他虽自称对“五运六气”的兴趣不大，但对《内经》中的七篇大论认为精彩的地方很多。如六元正纪大论说的“木郁达之，火郁发之，土郁夺之，金郁泄之，水郁折之”等原则在临床治疗上起极大的指导意义。对其他各论，如痿论、痹论、热论等程氏认为都有很多好处，大多数是从实际经验中得出来的，值得我们注意学习研究。程氏对《难经》亦甚重视，认为《难经》可以补《内经》之不足。他曾说：“我有许多地方就是服从《难经》不问《内经》的。”他不同意“《难经》是伪书”的说法，指出“书都是前人的经验总结，只问好不好，不问真和伪。”。他认为十四难的“损其肺者益其气，损其心者调其营卫，损其脾者调其饮食、适其寒温，损其肝者缓其中，损其肾者益其精”在临床上有极大的指导意义。认为二十二难和三十二难基本上解决了是动所生和气血营卫问题，在指导治疗是有其积极意义的。程氏对后世各家学说均十分重视，并将它们与《内经》、《伤寒》、《金匮》联系研究。如曾说：“从后世各家学说中，逐步体会《内经》的好处。”程氏非常重视对历代医案的钻研，认为医案是反映临床经验的“教材”，如无各家医案作借鉴就会陷入见浅识寡、遇到困难束手无策的境地。他还指导说：“对自编的医案尽说好的，我相当怀疑；别人编的不经选择的比较可以看出问题。譬如王旭高医案很好，叶天士更好，但难学得很……柳选四家不坏，但难学与叶氏同。王孟英的比较灵活，吴鞠通的比较着实，徐洄溪的没有药看不出问题，《寓意草》广广思路是可以的但不要迷信。我看古人医案，对许多特殊的治法，最感兴趣。”
四、细析治法方药，着眼化而运用
程氏对诸多治法方药都曾加以仔细研究。不仅理解精深，而且反对生搬硬套，始终着眼于一个“化”字。
对许多治法都有精辟阐述。如曾说：“热病可以表里同治，解表时必须清里；如寒病则不宜表里同治，应先温里而后解表，温里药不致妨碍外邪而有托邪之功。”这显然是对前人表里关系的发挥。又如说：“温病单用或重用苦寒药的时候较少，因为苦寒药用之不当往往容易伤阴”、“温病往往夹湿，湿重时唯一办法是重用苦寒药，因为苦能化湿、寒能清热。如黄白腻苔(即嫩黄苔)，除用苦寒外，应配合厚朴、橘红等燥湿之品；如老黄苔则可用陷胸、承气等法”、“温病一开始用苦寒药，以口苦为主症。如开始口不苦而淡，则黄芩等不一定适合。口甜也可以用苦寒药，但必须配合芳香温化之品”、“苦寒药中之山栀、黄芩、黄连，严格地讲运用时是有区别的，初起时有表邪，宜用山栀，往往与豆豉相配，因山栀有透达作用；第二步用黄芩，或认为不宜施用过早，以免有遏邪之弊，但亦不必过于拘泥，如葛根黄芩黄连汤即可用于表症未解、挟热下利之初期；至于黄连，对心烦、舌红、呕吐之症尤为相宜。”这是对苦寒法十分切实的阐发。
程氏用方不拘一格，除善采众长外，还力求善于变化。如曾说：“有人治湿温胸痞用泻心汤，舌苔转焦黑，神昏而恶化。其原因就是不了解伤寒的用泻心都有下利清谷、腹中雷鸣的见症，所以干姜、生姜无害；如果不大便的胸痞苔腻也原方照搬，怎会不出毛病呢？所以辛开苦泄也要看情形，不能拘守成方。”又曾说：“我也曾治两个类似膈症的病，一个是忧郁气结而引起的，胸闷作痛、时时噫嗳、脉沉弦涩、便秘不通，我用心悟启膈见好不愈，进一步用四磨饮法，人乳磨沉香，和入前方而瘥，即乳金丹也。一个是食入脘中刺痛，饮热汤则更甚，呕吐不能纳，脉亦沉弦涩不流利，始用启膈不效，四磨亦不效，改以瘀血着想，用韭汁牛乳加桃仁、丹参、郁金等少效不瘥，适阅《医醇＊＊义》，见费氏批判云岐子治膈九方很有理解，但阅所附原方内有几张都加麝香，我联想到叶天士治血淋用虎杖散有效，即虎杖草、麝香二味，彼而有效，此亦或然，遂加麝香一厘冲服，果然效果显著，渐渐向愈。”程氏治病用方，或攻其重点或复杂而治，有其很多独特见解。如他说：“我对复方的看法，先后是不同的。起初我是赞成罗罗清疏、理法俱足的方子，后来逐渐有所转变，如小续命汤、麻黄升麻汤等亦粗解其妙。等于徐灵胎所说叶天士对他的看法一样，这对处方的攻其重点、照顾一般是有所不同的。我所体会的攻其重点的看法，大概有三种，一是致病的主因，二是病中的主症，三是病症中比较易于解决的弱点，以便逐一击破，但是这还是一般易治的病症。对于真正顽固的复杂重症，一切可能用的方法均已遍投无效，实不能不另寻出路。历来所见各地各家用方，每每数十味之多，粗看不惯，细思之亦实有苦衷，所谓不得已而为之者也，每每用之亦有效验，出乎常例之外。因思昔人论本草引经文：‘五味入胃，各归其所喜攻’一语，果如所说，则寒热温凉、攻补、气血、升降，各行其道，亦大有可能。复杂之症，复杂之治，亦是一法。”
程氏对处方的用量，反对过重而主张轻灵。他说：“对于处方的分量，当如东垣法宜轻不宜重。我对处方的分量，是主张轻而不主张重的。药物的作用，是导引、是调整、是流通，所谓‘四两能拨千斤’是也。东垣用每味数分至一、二而取效姑且不谈，譬如现在热病常用的至宝，紫雪、牛黄、玉雪等丹丸，不是仅用数分而效果 显著吗？以上例彼，即知用药过重完全是浪费的。”
程门雪证治经验
程氏将内难理论和伤寒温病学说综合运用于临床实践，对多种外感热病及诸多内妇疑难杂病均有独到疗效。其善宗叶天士法而化裁之，出奇制胜之例难以枚举。
