生药学和中药学均是以天然产物（植物为主、包括动物和矿物类药物)为研究对象，就像中医与西医诊治的客观主体都是人一般。正由于研究的对象基本相同，两者的发展脉络具有明显的异同点。
　　一、博物而致知
　　生药学和中药学都具有博物学研究的特点，研究对象直接取材于广阔的自然界，把动植物资源当作主要药物原料进行研究的学科。所以西方早期研究生药的专家开始多半是著名的博物学家（naturist)和医学家，而且他们往往都是出色的植物学家。这与我国的中药学家十分相似。
　　我国伟大的医药学家李时珍就是一位典型的博物科学家，他所建立的新药物分类法（16纲60目)，不仅系统地记录了各种自然界的药物知识，而且这个药物系统很符合自然属性与一些动植物的进化规律，如水菜类相当于现代的藻类；芝（木而)类相当于真菌类担子菌纲。李时珍命名了“石油”，并且指出石油的产地有肃州、延州等地，与我国近代石油工业的诞生地基本相合。
　　二、中药学与生药学的区别
　　东西方科学研究的方法论不同，造成其宏观研究与微观研究的取向不同，这种区别可以说是导致了中药学和生药学研究模式的不同。
　　1930年以来，毛细管分析法、比色法、分光光度计、荧光分析法和柱层析、纸层析逐渐成为生药的基本鉴定方法；在药物学研究方面，药物作用强度（生物效价)之测定方法也得到迅速发展。至1960年后，紫外光谱、红外光谱、薄层色谱、薄层色谱光密度法、气相色谱、高效液相色谱、核磁共振、质谱等现代仪器分析方法，以及高倍的电子显微镜、X射线衍射法、热解薄层分析法（TAS)相继问世，生药化学成分的分析、生药超微结构的鉴定、有效成分定性定量的测定逐渐成为生药学研究的主流导向，即微观方法在近一百年中占据了绝对统治的地位。
　　而中药学又是走的怎样的道路呢？
　　中药的四气五味、升降浮沉、引经报使等理论是中医药学独有的特色。其中，中药的归经学说在易水学派张元素之前并没有形成系统的理论，只是在零散的本草记载和个别医家的经验中收录。另外还有李东垣、王好古等继承和发扬古汤液本草派的成就，以《内经》理论为源头全新诠释了“药食同源”的中医药基本学术体系，构建出了四时用药、气味理论、归经理论、引经报使、升降浮沉、制方理论等重要的框架内容，被后世一直沿用至今。明代李时珍在评价易水张元素所开创的中医药学成就时，称其“大扬医理，《灵》《素》之下，一人而已”， 李氏本人也是把这些医学理论实现药物具体化的集大成式的人物。
　　因此，“医药合一”成为中医学的根本特色之一；而民国之初，由于西学东渐，导致的那场“废除中医”运动中余云岫所主张的“废医存药”的观点，至今还在影响和左右着许多学者的认识论和方法论。皮之不存，毛将安附？如果没有中医理论指导，会开中药的人就越来越少；假如没有人会开中药，世界上就没人知道中药有效。所以说，没有了中医理论指导的中药研发，恐怕不能称之为“中药创新”！那么，要想真正创新，就必须走出医药两分的暗区！
　　这里，我们是否还能从植物进化之于医药学的影响，认识和探讨中药治病的道理呢？植物比动物至少早进化2亿年，因为发现植物化石的最早纪录要比动物化石早。这可能就是为什么从植物中总能寻找到对抗人类新疾病的有效药物的答案之一。植物不仅是人类氧气（绿色植物的光合作用)和粮食的来源，而且是生态维护和防治水土流失的尖兵。植物还能够抗污染、防辐射，对抗人类居处环境中不自然的或有害的因素，对抗人体的疾病和不健康状态，从而起到保护大自然、保护人类的重要作用。可以说植物为生命的源泉，因为它能从无机物合成有机物。而植物能够有效调护人体健康的作用，正好被中国的医药学家所发现并延续发展了几千年，成为了现在的中医药学。
　　三、论学科交叉
　　西方20世纪前的“草药学”历来也有单方（Simplica)和复方（Compositae)之分。似乎列文虎克显微镜的发现，扭转了西方生命科学的运行轨迹。微观研究已成为今天科学的主流。那么，宏观研究的医药学阵地由谁来坚守呢？中药复方的研究从何入手？由何突破呢？
　　当今，学科的边缘化已成为一种不可逆转的趋势。由于生物遗传技术的发展，对经济价值较大的药用作物进行选种、杂交、嫁接，筛选优质品种和维持生药品质；利用人工方法促使植物遗传因子的突变和多倍体植物的形成，利用示踪原子探索有效成分在植物体内形成过程和影响因素，研究次生代谢产物的起源和积累等，均已获得进展。由于植物化学成分知识的大量积累，针对各类植物的化学成分与其亲缘关系的研究被称为植物化学分类学（Plant Chemotaxonomy)。现代生药学科已逐步扩展成为包涵运用植物化学、生物化学、细胞生物学、植物生理学、遗传学，以及资源植物学、生态地植物学等知识来研究探讨天然药物的来源、分类、资源开发、遗传育种、种质优势、生产评价、生物合成、药效药理、毒理变化、微生物转化等重要内容的综合性学科，而与有机化学和植物化学的关系最为紧密。
　　作为药学的一个分支，生药学与植物学就像一对孪生姐妹；而当今天植物学的研究整体趋向于微观化和化学，这也使得生药学在发展方向上与医学、特别是临床医学的距离越来越远。
　　总而言之，生药学现代发展的一个前提，都是以有效化学成分研究为核心，在有效成分明确的条件下进行的。而针对化学成分不明的有效药物该怎样认识和研究呢？