化学药物引起自身抗原的改变也并不少见。如长期服用α-甲基多巴的患者中有10%～15%Coomba试验阳性，约有1%可发生自身溶血性贫血。这种病人在红细胞成熟过程中受药物影响改变了红细胞膜上的Rh系统的e抗原，产生抗红细胞抗体。又如长期服用肼苯达嗪、普鲁卡因酰胺、异烟肼等药物可引起红斑狼疮样综合症，常可测得抗核抗体。这些药物能与细胞内组蛋白或DNA结合，改变自身组织成分产生自身抗体。长期来观察到组织中损伤也可引起自身免疫反应，推测可能是由于组织抗原受到部分酶解，使天然分子中原处于隐匿部位的抗原决定簇暴露，被机体作为新抗株加以识别，这种看法有一定的实验根据，例如兔甲状腺球蛋白经胰酶消化处理后可使兔产生免疫反应，经白细胞蛋白酶消化的兔的甲状腺球蛋白也能引起兔的甲状腺炎。
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某些微生物的抗原与自身组织成分有共同抗原性。因此在感染这些微生物后，机体所产生的抗体或致敏淋巴细胞对有关的自身组织也可产生免疫反应。如A组溶血性链球菌某些型别的胞壁抗原和胞浆膜抗原与人肾基底膜及心瓣膜成分相同，也与人心肌、骨骼肌、小动脉平滑肌相同，因此溶血性链球菌感染与风湿病和肾小球肾炎有密切关系(表16-1)。又如大肠杆菌O14与结肠粘膜有类似的抗原性，它与溃疡性结肠炎的发生有关。
最近研究注意到热休克蛋白(heat shock protein,HSP)或称应激蛋白(stress protein,SP)在诱导自身疫病发生中的作用。1926年Ritossa首先观察到正常果蝇暴露于高温后，其唾液腺染色体蓬松隆起。12年后，Tissieres等证实果蝇染色体遇热后的上述变化是由染色体内基因转录合成一种特定的蛋白质所致，遂提名为热休克蛋白。此后的研究发现，除温度外，各种应激因素，如感染、创伤、化学品等生物、理化因子、均可诱生这类蛋白合成增加，故又称应激蛋白。现知HSP存在于一切生物细胞，包括原核及真核细胞。按其分子量大小成分HSP90，HSP70，HDP60，小HSP四个家族，各含数个成员。HSP在进化上具有很大的保守性。因此其它物种来源的(各种病原体)HSP与人类的HSP(或其它抗原)有很大的相似性，或称分子模拟(molecularmimicry)。目前认为，感染诱导自身免疫病的重要原因之一是与HSP的参加有关。
