一、在中医药论文的写作上，理性成分相对较少感性成分相对较多，论文模式雷同严重，并且缺乏深入的分析和探讨，不利于中医药理论出现新的系统性的突破性的进展。大多数论文重记录不重分析、重报告不重研究，涌现出大量内容雷同的中医药论文。据笔者调查国内数十种中医药杂志所发表论文的情况，发现最典型的属治疗病例报告类论文(占该期论文总数80％左右)，其次是古方新用类与老药新治类论文(二者共占该期论文总数5％左右)。上述论文虽然也是“讨论”、“体会”之类的解说，但大多浅尝辄止。这种中医药论文只是描述了现象却没有揭示出本质，它的学术价值是很低的，临床上可重复性较低，现实中难以推广。一些论文用西医的实验指标解释中医药理论，或一一对号入座的现象也很普遍。而且，有些实验结果的真实性也令人怀疑。笔者认为，作为一篇中医药论文理性成分要大大超过感性成分，要多出一些新的、系统性的、深入分析的中医药论文，也只有这样的中医药论文才经得起实践检验，才值得临床推广。
二、中医药论文的写作中急功近利思想严重，存在“舞弊”现象，十分不利于出现真正的高质量的中医药论文。目前，绝大多数医药单位都以发表论文的多少做为评定职称的条件之一，这在客观上刺激了中医药论文作者的功利思想。由于高质量的中医药论文要花费作者大量的时间与精力，并且是否成功、是否会得到社会承认还是个未知数，所以绝大多数作者受功利思想的影响往往选择易于写作的“报告式”论文。更有甚者，一些作者还在期刊杂志上弄虚作假。可以想象，即使在国家重要医药期刊上已经发表过的某些中医药论文，也有可能存在一定水分。那么，正在等待发表的中医药论文中，其虚假的成分又该如何识别呢?这确实是摆在中医药论文审读者与出版单位面前急需解决与必须解决的难题。
三、出版中医药论文的有关部门把论文作者局限于在中医药界中头衔重、名份多的“专家”人士，没有广开言路。部分人一谈医则言必出专家教授才会有人相信，但冷静分析一下，专家某些所论也存在老生常谈的情况，没有新意。事实上，在中华传统文化土壤上成长的中医药学在其传播与继承方式上数千年来一直是以师徒传授为主，至今这一现象在我国民间仍广泛存在，许多中医药高深技艺也只能通过带徒方式才能深切领会与熟练掌握，这就决定了我国民间确实存在一批有精湛技艺与丰富临床经验的中医药人才。由于受西方国家医药管理经验的影响，国内目前仍没有出台评定民间中医药人才职称的相应政策法规，除了极少数以前曾获得过名老中医称号的民间中医药人才外，绝大多数有真才实学的民间中医药人才没有任何头衔。某些出版中医药论文的有关部门束缚民间中医药人才的发言权，确实让许多宝贵的中医药理论及临床经验难以让大众所知，甚则有失传的危险，针对这一人为问题，笔者提议，中医药论文文题下只署作者姓名，文后附作者通讯地址，无特殊理由不得挂头衔以示区别。如此这般，凡是对中医药感兴趣并有一定研究心得的人士所写的中医药论文，只要达到出版水平，同样可以给予发表，这样做的话将有利于中医药发展。
中医药论文来源于临床实践，又指导临床实践，密切反映中医药发展水平的高低，所以我们必须重视现阶段中医药论文存在的种种弊端。中医药论文试图与国际接轨是寻求共性的反映，但必须以不失特性为前提，要共性与特性相结合，二者之间更要突出特性，这样做写成的中医药论文才是真正意义上的中医药论文。当前，中医药论文还存在不同程度的弊端，中医药论文还应不断改进，以更趋完善。
