通过检测人类T细胞受体TCR基因在治疗前后的变化来评价治疗HIV药物疗效的方法
公开(公告)号
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CN1253584C
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公开(公告)日
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2006.04.26
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申请(专利)号
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CN02131070.X
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申请日期
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2002.09.28
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专利名称
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通过检测人类T细胞受体TCR基因在治疗前后的变化来评价治疗HIV药物疗效的方法
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主分类号
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C12Q1/68(2006.01)I
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分类号
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C12Q1/68(2006.01)I
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分案原申请号
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优先权
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申请(专利权)人
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北京佰仁思生物工程有限责任公司
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发明(设计)人
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寇忠琛
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地址
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102200北京市海淀区中关村科技园区昌平园星火街6号
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颁证日
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国际申请
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进入国家日期
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专利代理机构
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北京汇泽知识产权代理有限公司
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代理人
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张若华
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国省代码
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北京;11
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主权项
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通过检测人类T细胞受体TCR基因在治疗前后的变化来评价治疗HIV药物疗效的方法,其步骤为: a.血样经采集分离后,得到外周血单个核细胞,再进一步分离出CD4或CD8T细胞; b.分离和提纯出T细胞的mRNA后,通过mRNA合成得到cDNA; c.在极其靠近CDR3区段V基因区设计22个内侧Vβ基因引物和一个内侧Cβ基因引物,Cβ基因引物的5′端插入七个非模板碱基GTTTCTT,Cβ基因引物采用高灵敏度的荧光标记,所述Vβ基因引物和Cβ基因引物如下: VβoutPCR引物: Vβ1out5′GGAGTCACACAAACCCCAAAGCACCTG3′, Vβ2out5′GTTATCTGTAAGAGTGGAACC3′, Vβ3out5′CTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAG3′, Vβ4out5′GATAGCCAAGTCACCATGATGTTC3′, Vβ5.1out5′GTCGATTCTCAGGGCGCCAGTTCTC3′, Vβ6out5′GAGTCTCCCAGAACCCCAGACACAAG3′, Vβ7out5′GGTCATGGGAATGACAAATAAGAAG3′, Vβ8out5′CGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAG3′, Vβ9out5′GACAAGTCCATTAAATGTGAAC3′, Vβ11out5′CTGACATCTACCAGACCCCAAGATAC3′, Vβ12out5′GATACTGACAAAGGAGAAGTC3′, Vβ13out5′CAAGACCCAGGCATGGGGCTGAAG3′, Vβ14out5′GGGAGATGTTCCTGAAGGGTAC3′, Vβ15out5′CTCGACAGGCACAGGCTAAATTC3′, Vβ16out5′GATTCTTAGCTGAAAGGACTGGAGG3′, Vβ17out5′GAAGGGTACAGCGTCTCTCGGGAGAAG3′, Vβ18out5′GCCGGCGTCATGCAGAACCCAAGAC3′, Vβ20out5′CTCTCAGCCTCCAGACCCCAG3′, Vβ21out5′GCCTGTGGCTTTTTGGTGCAATC3′, Vβ22out5′CACACAGATGGGACAGGAAG3′, Vβ23out5′CCCTGATCGATTCTCAGCTCAAC3′, Vβ24out5′CGGCCGAACACTTCTTTCTG3′; VβinPCR引物: Vβ1in5′CTAAACCTGAGCTCTCTGG3′, Vβ2in5′GCAGCTTCTACATCTGCAG3′, Vβ3in5′GATTCTGGAGTCCGCCAG3′, Vβ4in5′CAGCAGCATATATCTCTGC3′, Vβ5.1in5′GACTCGGCCCTTTATCTTTG3′, Vβ6in5′GGAGATCCAGCGCACAGAG3′, Vβ7in5′CCTGAATGCCCCAACAGCTC3′, Vβ8in5′CCAGCCCTCAGAACCCAGG3′, Vβ9in5′CTGGAGCTTGGTGACTCTGTG3′, Vβ11in5′CCTGGAGTCTGCCAGGCC3′, Vβ12in5′CTCACTCTGGAGTCGCTAC3′, Vβ13in5′GAGGATTTCCCGCTCAGGC3′, Vβ14in5′GAGAAGAGGAATTTCAATTTCC3′, Vβ15in5′GAGTCTGCCATCCCCAAC3′, Vβ16in5′CAGAACTGGAGGATTCTGG3′, Vβ17in5′CGGCCCAAAAGAACCCGACAGC3′, Vβ18in5′GTGCGAGGAGATTCGGCAG3′, Vβ20in5′CAGGACCGGCAGTTCATCTTC3′, Vβ21in5′CCTGCAGAGCTTGGGGAC3′, Vβ22in5′CACTCTGAAGATCCGGTCC3′, Vβ23in5′GAGCTCCTTGGAGCTGGGG3′, Vβ24in5′CATCCGCTCACCAGGCCTGGG3′; Cβout5′CAGGCCTCGGCGCTGACGATCTGGGTGAC3′, 3′Cβin*5′GTTTCTTGATCTCTGCTTCTGATGGCTCAAAC3′, *6-FAMlabelling; d.将设计的引物和由mRNA合成的cDNA通过两次PCR反应来扩增cDNA,所述两次PCR反应的条件为: 第一次反应:变性95℃,45秒;复性60℃,45秒;延伸72℃,45秒,34个循环,72℃10分钟;反应体系为: 5′引物10pmol1μl, 3′引物10pmol1μl, dNTPs10mM1μl, 10×反应缓冲液2.5μl, 三蒸水18.75μl, cDNA0.5μl, TaqDNA聚合酶0.25μl; 第二次反应:变性95℃,30秒;复性60℃,30秒;延伸72℃,30秒,15个循环,72℃10分钟;反应体系为: 5′引物10pmol0.5μl, 3′引物10pmol0.5μl, dNTPs10mM1μl, 10×反应缓冲液2.5μl, 三蒸水19.75μl, 第一次PCR产物0.5μl, TaqDNA聚合酶0.25μl; 其中10×反应缓冲液的组分如下: Tris-HClpH8.3300mM, MgCl250mM, KCl25mM, 明胶0.01%; e.将经过两次PCR反应扩增并被荧光标记的T细胞受体基因,与甲酰胺混合后94℃变性,将变性产物置于含6%丙烯酰胺的测序凝胶中,在DNA测序机上运行,得到的数据用ABIPRISMGeneScan分析软件进行分析和量化,通过比较HIV病毒感染者治疗前后CDR3基因图谱的变化,得出药物疗效的评价结果。
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摘要
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发明提供一种通过设计的特定引物来完成PCR反应,放大感染HIV病毒的患者的T细胞受体TCR基因在接受药物治疗前后的变化,进而评价药物的疗效的方法,本发明提供的技术不但填补了技术上的空白而且具有灵敏度高,准确性好的优点。
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国际公布
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