根据《国家卫生城市考核鉴定和监督管理办法（试行)》的规定和《国家卫生镇（县城)复核方案》的要求，全国爱卫办在2006年6月份，在要求有关省、自治区、直辖市爱卫办组织对其所辖命名满3年的国家卫生城市（区)和2004年底前命名的国家卫生镇（县城)进行复查的基础上，于10月份，邀请全国人大代表和政协委员等组成的调研督导组，对广东、山东、新疆等省（自治区)的5个城市、4个镇（县城)等进行了调研督导。复查的重点内容是，国家卫生城市、区、镇在基础设施与日常卫生管理等方面的巩固与发展情况，特别是在旧城区、背街小巷、城中村、城乡结合部、集贸市场、镇辖农村等部位以及“五小”行业的卫生管理情况。
国家卫生城镇调研督导组在我州重点抽查了库尔勒市、轮台县，并给予了高度评价和肯定，一致认为：库尔勒市成为国家卫生城市一面典型旗帜，是国家卫生城市的精品；轮台县在沙漠边缘建起一座高起点、高标准、干净整洁、优美的县城，非常了不起，具备了创建“国家卫生城市”的条件。
目前，全国爱卫办对国家卫生城市的库尔勒市、国家卫生县城的轮台县、焉耆县、且末县创卫成果的巩固、提高和发展工作，进行了复审和重新确认，在全国进行了通报表扬。
