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中国医学科学院、中国协和医科大学药物研究所成立于1958年，是国家重点药物研究机构之一。现有职工400余人，其中科技人员300余人，正副研究员100余人，中国科学院院士3人，中国工程院院士2人，有50余名专家享受国家政府特殊津贴。
药物所设药物化学合成、天然产物化学、药理、药物分析、天然产物生物合成、药用植物、药剂、药物安全评价等学科，并建有国家新药工业性试验基地、国家药物及代谢产物分析研究中心、国家新药开发工程技术研究中心、卫生部天然药物生物合成重点实验室、北京协和制药厂。
建所四十年来，共获科研成果奖260余项，其中，国家部委级奖172项，已研制上市新药80余种，1986年国家设立基金制以来，共承担各类科研课题近500项，承担的国家新药基金项目就有10余项，其中三项进入国家1035工程。发表论文近2000篇，已在国内外申请专利110余项。
药物所拥有大型科研仪器40余台，拥有一支由高级科研人员组成的兼职教师队伍。面向院校研究生开设了高等有机、分子药理学等10余门课程，在所研究生近200人，现有博士生导师23人，硕士生导师69人。药物化学、药物分析化学、药理专业为国务院学位委员会首批获准具有博士、硕士学位授权的学科点，其中药物化学和药理学为国家教育部认定的重点学科，并建立了博士后流动站。已培养硕士博士研究生638名。
近年来，在转变科研机制，面向市场经济，加快科研技术成果转化，提高产业效益的过程中，所属药厂产值逐年增加。主要产品有：人工麝香、紫素（紫杉醇注射液）、联苯双酯、高三尖杉酯碱、肌生注射液、及即将上市的抗肝炎新药双环醇等。
药物所还负责编辑出版《药学学报》、Chinese Chemical Letters及Journal of Asian Natural Products Research 三种国家级期刊，并与日、美、德等30多个国家和地区的制药公司、大学科研机构进行了广泛的科技和学术交流，与国内百余家科研单位、企业建立了协作关系，并建立了药物所新疆分所。
世纪之交，药物所正以“献身、创新、求实、协作”的精神努力工作，为人类研制出更多更好的新药。
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