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北京大学公共卫生学院始建于 1950 年，其前身为北京大学医学院公共卫生科。 1952 年北京大学医学院脱离北京大学独立建院，公共卫生科改为公共卫生学系， 1956 年更名为卫生系。 1985 年北京医学院更名为北京医科大学，卫生系更名为公共卫生学院。 2000 年北京医科大学与北京大学合并，组建新的北京大学，北京医科大学更名为北京大学医学部，公共卫生学院为北京大学医学部的一部分。公共卫生学院培养出的本科生、研究生遍布国内外，大多数成为预防医学、公共卫生、卫生事业管理及医学教育等领域的中坚和骨干。
公共卫生学院设有流行病学与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、妇女与儿童青少年卫生学、毒理学、卫生政策与管理、社会医学与健康教育七个系和中心实验室及北京大学儿童青少年卫生研究所。目前全院教职员工 151 人，其中教授、研究员 29 人，副教授、副研究员 28 人，博士研究生导师 9 人。各类在校学生 562 人、其中博士生 59 人、硕士生 183 人、本科生 320 人。
公共卫生学院现设有预防医学本科专业， 2001 年起经国家教育部批准，试办预防医学专业长学制教育，学制 7 年，第六年起进入二级学科培养，毕业后授予硕士学位。全院有流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、儿少卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、社会医学与卫生事业管理学六个专业培养硕士 和 博士研究生。学院有公共卫生和预防医学博士后科研流动站，可以接受各个学科 毕业 博士生进站从事科研工作。 2003 年开始招收公共卫生硕士（ MPH ）。设在学院的预防医学培训部设有预防医学专业成人教育专升本、专科两个层次的夜大和函授班，以及卫生事业管理专业专升本电大班。 公共卫生学院的流行病与卫生统计学为国家重点学科，流行病学实验室为教育部重点实验室。学院有循证医学中心、艾滋病预防研究中心、营养与保健食品评价中心三个联合研究中心及预防医学实验教学中心。近十年来，公共卫生学院承担国家攻关、国家自然科学基金、部委基金和国际合作等科研项目 200 余项。获各类科研成果奖 50 多项。其科学研究和教育水平在国内公共卫生领域处于领先地位。公共卫生学院在教学和科研方面与世界卫生组织（ WHO ）、联合国儿童基金会（ UNICEF ）、美国疾病控制中心（ CDC ）、美国中华医学基金会（ CMB ）等国际组织保持良好合作关系，并与美国哈佛大学、耶鲁大学、约翰·霍普金斯大学，澳大利亚悉尼大学、拉筹伯大学、格里非斯大学，韩国汉城大学，香港中文大学等境外大学建立了良好的交流和合作关系。
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