复旦大学上海医学院位于上海繁华的徐家汇东侧，她有着悠久的历史和优良的学风，享誉海内外。随着中国教育体制的改革，2000年4月原复旦大学（创建于1905年）与原上海医科大学（创建于1927年）合并，复旦大学上海医学院于2001年7月27日成立，由复旦大学副校长王卫平教授兼任院长。
复旦大学上海医学院成立以来大胆探索体制改革。为创办综合性大学的一流医学院，促进基础医学和临床医学的结合，加快医学学科建设，由医学院的领导和各附属医院的院长组成上海医学院院务委员会，是学院的咨询决策机构。在教学管理架构上设有27个系。在行政管理架构上设有党委办公室、院长办公室、教学办公室、科研办公室和本科生、研究生工作组，负责管理和协调学院各方面的工作。学院现有国家重点学科20个；国家重点实验室1个；“211工程”建设重点学科8个；教育部、卫生部重点实验室9个；上海市重点学科2个；上海市临床医学中心8个。有博士后流动站4个，博士点29个，硕士点36个。
