复旦大学公共卫生学院的历史可追溯至1927年。中国著名医学教育家、公共卫生学家颜福庆于1927年创办医学院时，就非常重视公共卫生的教学，次年7月在医学院内组建了公共卫生科，并亲任科主任兼公共卫生教授，逐步开展疾病预防、环境卫生和妇幼保健等工作。1928年，由胡宣明负责建立了“吴淞(今宝山区)卫生公所”作为公共卫生教学实验区，1929年9月与上海市卫生局合作，改建为“吴淞卫生模范区”，同时建立了“高桥(今浦东新区)卫生事务所”。
此后，历经抗战直至解放，机构名称数易，由公共卫生科更名为公共卫生学院、卫生系等。先后担任院系主任、院长的有苏德隆、李穆生、顾学箕、俞顺章、詹绍康、姜庆五等。
2000年4月上海医科大学与复旦大学合并后，成立复旦大学公共卫生学院。姜庆五任院长．郭红卫、徐勋、钱序、周志俊、陈文先后任副院长。傅华任党委书记。毛惠琴、包江波先后任党委副书 记。
公共卫生学院在我国的疾病防治、预防保健及卫生政策的决策工作中发挥了重要作用，涌现出一批国内外知名的专家教授。
1956年起，苏德隆任全国血吸虫病防治委员会副主任兼预防组主任，4次受到毛泽东同志的接见。在苏德隆的带领下，通过实验室研究和现场实践相结合的方法，发现钉螺的分布规律，提出预防为主、防治结合的区域性防治血吸虫病的科学理论。在这些理论的指导下，在血吸虫病重灾区上海青浦县建立了“血吸虫病试验田”进行血吸虫病的防治并加以推广，1966年青浦县消灭血吸虫病，随后在安徽、江西、湖南血吸虫病防治和控制流行的实践中也取得了显著成效。1985年上海市宣布要消灭血吸虫病。流行病学教研室筛选和推广多种灭螺药物、研制成“防蚴笔”等，在国内和非洲索马里的血吸虫病流行区域应用取得了良好的效果，使疫区居民的血吸虫病感染率和湖水钉螺的感染率迅速下降，对控制血吸虫病的流行做出了重要贡献。80年代，袁鸿昌对江湖洲滩地区血吸虫病流行因素、规律和对策的研究，先后作为国家“七五”、“八五”攻关课题。学院对霍乱弧菌越冬机理与2号病发生发展关系的研究取得了重大突破。
1951年起，许世瑾等开展了对上海市的人口资料进行死亡率、出生率、期望寿命和年龄分布的统计分析工作，至60年代，对上海市人口进行了预测，为政府计划生育政策提供了技术资料。
20世纪50年代中期开始，在防治职业病过程中，顾学箕等经常组织师生下厂矿和农村，通过现场卫生学调查，结合实验室研究，在防治和控制苯中毒、铅中毒、农药中毒，改善生产环境包括高温条件下工人的作业等方面均取得成效。通过广泛的调查，发现了我国矿山企业工人中的矽肺问题，并提出了相应的参考标准。王掺兰等负责的“工业铅中毒研究”，在山东淄博蓄电池厂工业铅中毒的研究中，通过现场调查、诊断、防治、建立实验动物模型等方法揭晓了铅中毒的机理，为我国防治工业铅中毒做出了贡献，获1986年卫生部科技进步甲等奖。
同时期，徐达道等通过对河南、安徽等省的调查，发现了赤霉病麦的病原菌、感染途径、分布区域、预防措施、处理方法等。至80年代初，严文钰等开展了辐照食品的研究，先后对大米、洋葱、土豆、苹果、牛肉干、香肠等辐照后的食品进行了动物试验和120余人的人群试验，为国家和平利用原子能进行食品保藏提供了技术数据和科技标准。
同时期，杨铭鼎等开展了上海市环境质量包括大气、水体和土壤的卫生研究，对上海市空气污染、饮水中致突变物质的研究，调查了环境污染的源头、途径等，提出了大气污染的解决方案，上海市区居民饮用水临江取水口的合理位置，大气质量评估的方法等，为市政府实现城市煤气化以及黄浦江上游引水取水口选择的决策提供了科学依据。
1981年，根据中美两国卫生部医药卫生科技合作议定书“中美卫生服务研究合作项目”中的条款，学院与美国霍普金斯大学公共卫生学院进行科技合作，对中国上海县和美国华盛顿县的卫生服务做了对比研究。1981年7月在上海召开工作研讨会．，美国助理卫生部长布来恩特(J．Bryant)博士等6位专家到会，根据对第一手资料的科学分析，美方对我国卫生工作的方针政策、三级医疗保健网、合作医疗制度和上海县的卫生服务，给予了较高的评价。上海县的人口预期寿命从1950年的44．7岁提高到1980年的72.4岁，30年人均寿命提高了27.7岁，而美国1900年的49.2岁提高到1980年的73.2岁经过了80年才提高24岁。上海县1980年人口出生率为14．8‰。，而美国是16.3‰。上海县1980年的人口死亡率为6.2‰，而美国为9.5‰。1982年在华盛顿举行的中美联合委员会会议上，美方对这项合作深表满意，认为中国的经验值得学习借鉴，调查结果的20多篇论文在1982年及1983年先后在《上海第一医学院学报》(增刊)及美国公共卫生杂志上专辑发表。学院与上海县联合拍摄的《上海县初级卫生保健>>系列电视教学片，得到了世界卫生组织的高度赞扬，并向其他国家推荐。通过合作研究，有关人员业务上得到了培训和提高，促进了卫生事业的发展，上海县由此提前达到WH()提出的“2000年人人享有健康保健”的卫生目标。
1988年，上海市甲型肝炎(甲肝)爆发流行，患病30万人。徐志一等深入防治第一线，在以往病毒性肝炎研究的基础上，对这次甲肝爆发流行规律、临床特征、病毒检测技术以及甲肝流行对上海市经济发展的影响等方面进行了专题研究。调查了近3万例毛蚶食用者，获得了毛蚶传播这次甲肝爆发的血清流行病学证据，应用核酸分子杂交、细胞培养、绒猴感染实验等研究，获得毛蚶传播这次甲肝爆发的病原学证据。李子华等运用分子生物学方法分析了一株从毛蚶分离到的甲肝病毒核酸序列，为我国首次提出了甲肝病毒基因分析图谱。这些研究成果，为上海市政府禁止毛蚶上市和食用提供了科学依据，及时控制了甲肝爆发的流行，并获1991年国家科技进步三等奖项。
我国肝癌高发地区的预防研究上，苏德隆、俞顺章、顾杏元等深人高发区域，用流行病学理论和方法，对肝癌高发因素进行系统研究，提出了饮水污染、黄曲霉毒素污染、病毒性肝炎是肝癌高发的主要因素的理论，采用“管水、管粮、防肝炎”的七字方针进行预防。经过不断的实践和研究，肝癌高发因素的理论和预防措施被过过同行认可和接受。
社会医学和卫生事业管理学是20世纪80年代发展起来的一门新兴学科。李婉先、顾杏元、龚幼龙、胡善联、郝模等针对我国的实际情况，开展软课题包括“卫生政策”、“卫生资源使用及效益”、“控制医疗费用增长”、“农村合作医疗制度”、“卫生事业改革途径与效果”、“总量控制、结构调整政策评价课题”和“1995—2010年上海市卫生人力发展战略研究”等研究。
20世纪80年代起，学院与美国哈佛大学公共卫生学院、霍普金斯大学、瑞典乌米尔大学等国际知名大学建立了校际学术交流联系。
近年间，公共卫生学院围绕保障人群健康，控制重大疾病的目标和需求，在长期的科研与教学活动中，形成了“重大疾病的流行规律与控制”、“环境医学与卫生毒理学”、“人口健康与健康行为学”、“社区医学与卫生服务”、“卫生政策与管理”5个主要研究方向。
“重大疾病的流行规律与控制”研究方向在重大疾病和突发疾病的控制技术、恶性肿瘤等疾病的病因学研究、生物标记物在疾病防治中的作用、遗传因素在肝癌等肿瘤发生中的作用等研究领域达到国际前沿水平。如徐志一教授主持的“规范化甲肝减毒活疫苗保护效果及免疫策略研究”成果获2002年国家科技进步二等奖。
“环境医学与卫生毒理学”研究方向，近年在大气污染与健康关系危险度评定、水藻类毒素的毒性与污染控制、苯与白血病的关系、环境镉污染与健康关系、遗传背景与重要工业毒物对健康影响的交互作用等方面获得多渠道经费(如国家“863”、“973”、国际合作等)的支持，开展了深入的研究。俞顺章教授主持的“主要淡水藻类(蓝藻)毒素危害健康机理及预防对策研究”获2002年上海市科技进步一等奖。
“人口健康与健康行为学”研究方向在国内高校首次开设循证卫生保健导论、艾滋病健康社会科学和同性恋健康社会科学研究生课程，受到好评；青少年生殖健康相关研究成果已列为世界卫生组织出版物；循证妇幼保健相关研究成果已被国内外同行认可并多次引用。
“社区卫生与卫生服务”研究方向在形成疾病预防控制体系、社区卫生服务等领域取得了比较好的研究成果。由CMB资助项目“慢性病自我管理”被世界卫生组织采纳为良好疾病管理案例“example of best practices”向全球推广，主持研究的上海市医学重大课题“脑卒中社区防治优化方案”成果为上海市脑卒中社区防治提供了科学依据；在卫生服务研究方面，主持研究的农村医疗保障等成果成为政府决策的重要依据。
进入2l世纪，本学科的发展迈人新的阶段。其中，流行病学与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学两个学科进入复旦大学“985工程”一期重点学科建设，在“十五”、“211工程”建设中，筹建了“教育部公共卫生安全重点实验室”，2003年11月被批准为教育部立项建设的重点实验室。2004年卫生部批准成立“卫生部卫生技术评估重点实验室”。2004年教育部高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所对全国各学位授予单位的一级学科的整体水平进行排名，复旦大学名列全国公共卫生与预防医学一级学科的榜首，公共管理(含社会医学与卫生事业管理)列全国一级学科排名第二。公共卫生学院学科的综合实力和特色优势获得进一步发展。
其一，以国家重大公共卫生问题作为研究重点，在农药的毒性、重金属对健康的影响、血吸虫病的控制、肝炎流行病学、肝癌的病因研究、结核病的流行病学研究、SARS与流感控制研究方面都取得了一定的成果，在国家和地区的疾病预防和控制过程中发挥了积极和重要的作用。．如2002年2月本学科的李子华、居丽雯两位专家应卫生部邀请，参加在广东的“非典”调查。俞顺章、姜庆五作为上海市“非典”控制专家组的成员，为上海市的SARS控制做出了一定贡献，受到上海市政府的表彰。
其二，科研实力不断提升，国际间合作发展迅速。自2001年以后获得的科研经费共计4486.9万元，承担“973”课题l项，主持“863”子课题l项；共同主持自然科学基金重点课题1项，自然科学基金课题12项；主持上海市重大课题l项；国际合作课题29项，在核心期刊上发表论文157篇，SCI收录论文49篇，EI收录论文15篇，出版专著34本。综合预防医学各学科有优势的教育部公共卫生安全重点实验室已经在2004年6月通过立项检查。
其三，中青年教师成长迅速，已形成了以中青年学者为主体的教学与研究群体。学院教师队伍中有国家杰出青年基金获得者、上海市青年精英郝模教授，上海市曙光计划学者周志俊教授。上海市启明星屈卫东教授，复旦大学世纪之星屈卫东、何纳、张文彤、施玮、陈文、罗力、傅东波、穆丽娜。副教授以上的学者，全部都有在国外学习一年以上的经历。目前，学科正在形成以40岁左右的骨干教师为主导的教学科研队伍。每一位教授都有自己的研究方向和实验室支持，其研究主要分布在重要传染病与重大的慢性病控制、重要环境污染物的危害健康机制、食品安全、社区人群疾病的预防和保健等方面。
其四．始终为国家培养大批高质量的预防医学和卫生管理高层次人才。2001年后毕业的本科生501名．毕业生就业率99.6％，授予硕士学位206名．授予博士学位95名。每年招收本科生100名左右、硕士研究生50名左右、公共卫生硕士5()名左右、博士研究生20名左右。
1999—2004年年全国共评出4篇预防医学与公共卫生的优秀博士学位论文．其中2篇出自复旦大学公共卫生学院(宋键获1999年全国优秀博士学位论文奖，蔡琳获2001年全国优秀博上学位沦文奖，导师分别为叶舜华、洪传洁、俞顺章)。学院的社会医学与卫生事业管理为国家重点学科．预防医学为一级学科博士授予单位。学院设6个硕士点，分别是流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生与妇幼保健学、卫生毒理学、社会医学与卫生事业管理。4个博士点，分别是流行病与卫生统计学、劳动卫生与环境卫生学、社会医学与卫生事业管理。2个博士后流动站，分别是公共卫生与预防医学、公共管理。另设预防医学研究所、世界卫生组织(上海)职业卫生合作中心、卫生部卫生技术评估重点实验室等科学研究机构；共有流行病学、劳动卫生与职业病学、环境卫生学、营养与食品卫生学、少儿卫生学、卫生统计与社会医学、预防医学、卫生微生物学、卫生化学、健康教育学、妇幼卫生学、卫生事业管理学、卫生经济学、医院管理学、卫生监督与卫生法学15个教研室。2004年，在院本科生543名，博士研究生95名，硕士研究生273名，公共卫生硕土专业学位116名。学院有教授20人(校特聘教授1人)，副教授22人。有7名教师获得上海市优秀青年教师奖、上海市育才奖和华藏奖等校级以上各项教育荣誉奖，6名教师获得优秀教师工作者称号。
学院设置预防医学和公共事业管理2个本科专业。预防医学专业学制五年，主要培养具有扎实医学知识从事疾病预防控制、卫生监督、卫生行政工作和预防医学教学、科研工作的高级人才。公共事业管理专业学制四年，主要培养既掌握现代管理手段，具有公共事业领域的专业知识，又具有管理技能的公共卫生事业的复合型人才。学院为本科生共开设了39门专业必修课程、19门专业选修课程和38门公共选修课程。已主编《流行病学》、《医学营养》、《卫生经济》、《职业卫生与职业医学》等教材，共有11门课程采用学院主编的教材，其中3门课程的教材为国家重点教材，5门为部属重点教材，2门为面向21世纪教材， 从顾学箕教授始主编各版《预防医学》，傅华教授授主编的《预防医学》 获得2005年全国高等学校医药优秀教材三等奖、龚幼龙教授主编的《社会医学》和程晓明主编的《卫生经济》被评为优秀教材。赵根明教授主讲的流行病学课程被评为复旦大学精品课程 ，傅华教授主讲的临床预防医学课程被评为上海市精品课程，钱序教授主讲的生殖健康与进展课程采用双语教学的方式取得了良好效果。
学院与上海市及多家区级疾控制中心和卫生监督所等实习基地建立了长期、稳定的良好合作关系，为学生提供宝贵的实习机会。