复旦大学药学院（原上海医科大学药学院）成立于1936年，是我国办学历史悠久、学科齐全、师资力量雄厚的药学院之一。成立初期称为国立上海医学院药学专修科，之后历经多次更名，分别为国立上海医学院药科、国立上海医学院药学院、上海第一医学院药学系、上海医科大学药学院。2000年4月，原上海医科大学与原复旦大学合并，遂更名为复旦大学药学院。现任院长为朱依谆教授。
复旦大学药学院为全国医药教育学会药学教育研究会副理事长单位。学院下设药物化学、天然药物化学、生物合成药物化学、生药学、药剂学、药理学、医院药学、药物分析化学、放射药学、生物化学和物理化学等11个教研室和1个药用化学综合实验室，药学研究所和《中国临床药学杂志》社各1个，还拥有1个卫生部上海市临床药学培训中心。现有教职员工107人，其中教授（含研究员、主任技师）22人，副教授（含副研究员、副主任技师）23人。 学院具有药学一级学科博士学位授予权，拥有药学一级学科博士后流动站1个、二级学科博士点5个（药剂学、药物化学、药理学、生药学和生物化学）、二级学科硕士点6个（药剂学、药物化学、药理学、生药学、生物化学和药物分析）。药学一级学科曾被列为上海市“重中之重”建设学科和复旦大学“985”重点建设学科，药物化学也是上海市教委重点学科。药学院与复旦大学生命科学学院联合设立了“国家生命科学与技术人才培养基地—生物医药点”。
近年来，药学院在教学、科研和新药研发领域均取得了一定的成果。重点开展了心血管及神经系统疾病的药物以及抗肿瘤、抗病毒（乙肝和艾滋病毒）药物和新型给药系统的研究，形成了新药研究的特色领域，并与国内外相关机构建立了广泛的科研合作关系。不久，药学院将整体搬迁张江药谷，学院的各项建设又将步入一个全新的快速发展阶段，学院面临着再次腾飞的良机！