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哈尔滨医科大学基础医学院现设有国家理科（医药学）基础科学研究和教学人才培养基地、卫生部俄语培训中心、基础医学和生物学两个一级学科博士授权点、基础医学和生物学两个博士后流动站、黑龙江省生物医药工程重点实验室－省部共建国家重点实验室培育基地、黑龙江省医学分子生物学重点实验室、黑龙江省普通高校医学细胞生物工程重点实验室、黑龙江省普通高校BSL-3重点实验室、；下设一个学部、十六个教研室，五个实验技术教学中心，其中包括十二个博士授权点、十三个硕士授权点和七个省级重点学科。黑龙江省基础医学研究所设有十二个研究室。
在教学上学院坚持基础医学与临床实践相结合、计算机数理化与基础医学相结合、理论与实践相结合的原则，注重加强学生动脑、动手能力的培养，建立了行之有效的《7年制学生科研能力培养的模式》。以学生综合素质培养为中心的教学改革，多次获得国家和省的优秀教学成果奖。近年来，学院承担“世界银行贷款的21世纪初高等教育教学改革项目”2项，《理科基地基础医学PBL教学法的研究与实践》和《实验教学研究和实践》都已结题，通过国家教育部验收。《创建优秀理科基地，高层次培养基础医学人才》获国家教学成果二等奖。
经过建设与发展，基础医学院的课程设置更加合理，师资队伍建设水平明显提高，总体实力明显增强，保证了教学质量，并形成了适应现代医学教育实际需要的课程体系和行之有效的教学管理与运行模式。
多年来，在学科建设和师资队伍培养上，学院坚持“加速培养，大胆使用”的原则，使一批学术点加快建设、积极发展，一批国内外有突出成就的科技骨干快速成为学科带头人。在科学研究方面，他们加强了基础理论与应用基础的研究。目前主攻方向是人类基因组计划、肿瘤病理与遗传学研究、干细胞的培养与应用研究、肿瘤相关病毒及嗜神经病毒的分子生物学研究、生物大分子结构与功能研究、心肌缺血再灌注损伤与保护机制的研究、生殖内分泌研究、痛与镇痛的神经电生理研究、膜通道的研究、淋巴管研究和移植免疫研究等方面的研究。十五期间，基础医学学院承担科研项目223项，总资助金额为1633.1万元。其中国家“973”课题1项,“863”课题2项，国家自然科学基金21项，省、部级课题46项，厅、局级课题147项，其它课题6项。另外，学院还承担国际合作项目26项，横向合作课题24项。学院科技开发事业与科技成果转化工作正处在发展之中，新生物技术公司等经济实体已取得了较好的经济效益和社会效益，促进学院教学和科研工作全面发展。
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