我校于1978年开始招收研究生，1981年成为硕士学位授予单位。现拥有硕士学位授权点16个，在校全日制研究生295人，外籍研究生10余名，并开展了在职人员以研究生同等学力申请硕士学位、临床医学专业学位等多种途径的研究生培养和学位授予工作。
做为1978年文革后首批研究生招生单位，我校研究生教育稳步发展，治学严谨、实力雄厚的导师队伍，特色突出、优势明显的学科群体，为培养高质量的研究生营造了良好的氛围。所培养的研究生在国内外中医药教育、科研、医疗、管理以及企业的岗位上发挥着重要作用，许多已经毕业的研究生成为相关学科领域的带头人和学术骨干。大批研究生毕业后，继续在清华大学、中国科技大学、中国科学院、北京中医药大学、广州中医药大学、上海中医药大学等国家重点院校深造，攻读博士学位。2003年两名外籍研究生，在我校针灸推拿学专业顺利通过论文答辩，获得硕士学位。这是我校乃至安徽省省属高校首批授予外籍研究生硕士学位。其后，又有近20名外籍研究生相继在我校攻读硕士学位，显示研究生教育在我校对外办学方面发挥重要作用。为保证我校研究生的培养质量，学校着重在以下方面加强管理：
1、夯实理论功底, 提高教学质量。我校为各专业研究生开设了70余门课程，研究生导师、正高职称以上教师上课率达70%以上。因此，我校毕业的研究生知识结构合理、基础理论扎实，有很大的发展潜力。在历届毕业研究生中有近百人通过进一步深造，在国内外获得了博士学位，部分研究生通过选拔，以访问学者的身份出国进行学术交流。
2、注重实际工作能力，提高学位论文水平。各学科专业均注重对研究生临床能力及科研能力的培养，研究生的毕业论文则要求结合导师的研究方向和科研课题来完成。在每年研究生接力棒式的培养过程中，各相关学科均形成了稳定的研究方向，科研水平不断提高。同时，在高水平的科研活动中，研究生的实际动手能力得到了培养和提高，毕业后能较快适应临床、科研工作的需要，发挥骨干作用。学校还积极利用校外资源不断拓宽研究生的培养渠道，分别与南京军区总医院、安徽省药物研究所、山东文登整骨医院、广州军区总医院、武警安徽总医院等单位签订了联合培养协议，聘任了一批具有较高学术水平的兼职导师，为研究生的能力培养提供了有利条件。
我校各硕士学位点均拥有一支治学严谨、知识渊博的导师队伍，科研工作取得了引人注目的成绩。中医呼吸内科为国家中医药管理局重点学科，中医内科学、针灸推拿学、中西医结合临床为省级重点学科。中医内科学学科的呼吸系统疾病研究、针灸推拿学学科的经络研究等方向，参与并承担着国家重点基础发展计划（“九七三”计划)和自然科学基金资助项目。中西医结合临床学科的肝豆病研究，收集的病例数居世界首位，在这些具有明显特色和优势的研究方向上进行论文选题，已然立足于国内或国际先进水平，并极具研究潜力。
3、重视思想教育，提高道德水准。学校对研究生思想政治工作高度重视。在招生录取、业务培养、学籍管理、选优评奖、学位授予等几个环节上坚持德育标准，注重思想表现，体现正确导向，奋发向上的精神鼓励广大研究生勇攀科学高峰，以实事求是的态度塑造研究生的科研道德、医疗道德。社会主义市场经济的热潮，增强了研究生的竞争意识，成才意识，但不盲目追求个人价值，以强烈的社会责任感和使命感投身于祖国的建设大业中去，实现个人价值与社会价值的有机结合，在我校研究生中已形成主流。
