南京医科大学药学院创建于2002年6月。药学院由药理学系（省重点学科，全国临床药理基地、江苏省产学研研究生联合培养基地)和毒理学系（省重点学科)发起，从国内外引进药物化学、药剂学、药物分析学、生化药学、生物技术、天然药物学等学科的高层次人才，整合原基础医学院化学教研室并联合江苏省人民医院药剂科，经过2年的建设，药学院已初步建成教研相长的教学研究型学院框架，初步建立生物医学型的药学教育模式，坚持面向临床，服务经济建设的办学宗旨。
学院目前设有临床药学、基础药学、药学、药政管理、医药贸易等五个药学专业方向，2002年招收临床药学专业方向学生28人，2003年招收基础药学等四个专业方向学生156人，其中澳门学生1人。2004年招收药学、临床药学、医药贸易专业方向学生167人。
学院现有教职员工47人，其中教师33人，实验室技术人员8人，行政管理人员7人。教师中正副教授（相当职称)10人，博导1人、硕导3人，具有博士学位者8 人，硕士学位者 17人，硕士生以上学历教师占75.8%，学校特聘教授1人。
学院现有8个教研室，分别为基础化学、有机化学、分析化学、物理化学、药剂学、药物化学、药物分析、药理学（临床药理)。2004年9月，省级重点实验室——江苏省基因药物技术中心在药学院成立。学院另有1个新药研究中心，1个化学综合教学实验室和1个药学综合教学实验室。天然药物、生物制药和药事法规与管理等教研室正在筹建中。
