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基础医学院的前身是基础部，基础部始建于1978年，2002年11月更名为基础医学院，是学院重要的教学、科研、科技开发、学生管理部门。
基础医学院由12个教研室、2个研究室、3个实验中心和1个综合实验室组成：
1、12个教研室：包括体育、语文、化学、人体解剖学、组织胚胎学、生物学、生理学、生物化学、病原生物学、病理学、免疫学、病理生理学等。
2、2个独立研究室：神经生物学教研室、肾功能保护研究室。
3、3个实验中心：医学病原生物学与免疫学实验中心、医学形态学实验中心、医学机能学实验中心。
4、1个综合实验室：中心实验室。
尚有2个挂靠于教研室的非独立研究室，体质人类学研究室（挂靠于人体解剖学教研室）和肿瘤研究室（挂靠于病理学教研室）。
共有在编职工251人，其中专职教师201人。按最高学历计，教师学历结构为：博士1名，硕士30名，本科159名，45岁以下教师中具有硕士以上学位的所占的比例为14.93%，随着青年教师的不断加入和考研攻博人数的增加，学历结构将发生重大变化，高学历教师的比例将增加，预计到2006年具有硕士以上学位的教师所占比例将达约20%。职称结构为：教授及相应职称21人，副教授及相应职称35人，讲师及相应职称57人，助教93人；硕士生导师27人。教职工中先后有享受政府津贴者4名、全国优秀教师2名、省劳模1名、市级以上先进工作者15人次。
承担着全院从研究生到专科生的普通基础课和基础医学课的教学教务管理工作，承担着病检诊断方向、基础医学专业、社会体育专业的专业建设工作。
基础医学院现有省级重点学科2门：生理学和病理学与病理生理学；省级重点实验室1个：分子生物学；省级精品课程1门：人体解剖学;院级精品课程4门：组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学；省级重点课程7门，它们是：人体解剖学、体育学、生物学、组织胚胎学、生理学、微生物与免疫学;有院级重点课程9门。有全国高校“先进实验室”1个：人体解剖学实验室。有生理学、病理与病理生理学和中西医结合基础3个硕士点，今年招收硕士研究32名左右。
基础医学院教职工在完成繁重教学任务的同时，积极开展科学研究, 先后科研立题208项，获科研经费161.84万元。特别是近10年间，先后获国家自然科学基金、卫生部和国家中医药管理局课题资助9项；先后有课题获奖65项，其中获省级科技进步二等奖2项；先后有近1000余篇研究论文在国际、国家级、省级学术刊物上发表或参加全国、省级学术会议，其中发表于国际和全国性专业杂志或专辑上的论文占总论文数的30%以上；研究成果不断提高，其中生理学、体质人类学、手皮纹学、心肌细胞培养、慢性胃溃疡癌变、免疫复合型肾小球肾炎、肾缺血损伤及药物的保护作用等的研究的水平均达到国内先进或领先水平。
紧紧围绕教学、科研和学生管理的中心任务抓党建，充分发挥党总支和党支部的政治保证作用、战斗堡垒作用，发挥党员的先锋模范作用，以培养人才和提高教学质量为目标，勤奋工作，为学院事业的发展作出了积极贡献,现有职工党支部12个，学生党支部8个，分党校1所,有职工党员119人，学生党员181人。有学生管理机构：学生科、分团委各1个，年级办公室7个，管理学生5500余人，有专科、本科、研究生教育三个层次。
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