福建医科大学基础医学院成立于2001年1月，前身是基础医学部，始建于1959年。
学院拥有一支结构合理、素质优良的师资队伍。现有教职工269人，专任教师187人，其中教授18人，副教授50人，博士生导师2人，硕士生导师26人。专业基础教师队伍中，有博士学位19人，在职攻读博士学位17人，有硕士学位67人，硕士学位以上占教师数61.3%。享受国务院政府特殊津贴的专家7人，福建省教委优秀中青年骨干教师2人，入选“百千万人才工程”人选10人，校学科带头人培养对象13人，校青年骨干教师38人。
学院积极进行教学改革，以学院成立为契机，对基础医学二级学科进行调整和建设，由原来以教研室为管理单位改成以系（部)为管理单位。现学院设有人体解剖学与组织胚胎学、生理学与病理生理学、病理学、病原生物学、免疫学、生物化学与分子生物学、细胞生物学与遗传学等7个学系以及数理与计算机学、外语等2个教学部。建有机能学科综合实验室、形态学科综合实验室、生物化学与分子生物学实验室、病原生物学综合实验室、人体解剖学综合实验室、数理与计算机教学综合实验室等6个教学实验室，进一步推动了实验教学内容和教学手段的改革。
学院坚持以学科建设为重点，狠抓科研基地和学位点建设，先后建立了分子医学、细胞与发育工程、神经生物学3个研究中心，推动了学院的科研工作，学位点数也逐年增加。目前，学院在肿瘤分子生物学、感染与免疫分子生物学、神经分子生物学等方面的研究形成了自己的特色和优势。拥有博士学位授权点1个（病原生物学)，硕士学位授权点8个，培养范围涵盖了基础医学和生物学2个一级学科。学院还拥有省级“211”重点学科--分子医学；4个校级重点学科--病原生物学、病理学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学；1门省级精品课程--病理学；2个省级重点实验室--机能学科综合实验室和形态学科综合实验室；以及生殖医学研究室、肿瘤研究室、基因工程研究室等省内著名的科研机构。1997年以来，学院承担国家级、省级、厅级科研项目120多项，其中国家级和省级重大科研项目18项；有18项科研成果奖，其中省科技进步二、三等奖13项。
学院将紧紧抓住我省大学城建设带来的高教事业发展的极好机遇，一如既往地遵循"勤奋、严谨、求实、创新"的校训，围绕学校"十五"规划，瞄准2010年远景目标，以崭新的精神面貌，迎接新的挑战；以培养具有创新精神和实践能力的高素质医学人才为根本任务，深化教育教学改革，全面推进素质教育；以教学为中心，本科教育为主体，教学质量为生命线，加强学科建设和师资队伍建设，发挥基础医学院的特点和优势，为实现2010年我校进入国内省属同类高校先进行列的目标而努力奋斗！
学科建设
博士学位授权点：病原生物学
硕士学位授权点：病理学与病理生理学、病原生物学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学、免疫学、
分子生物学、细胞生物学、生理学
省级"211"重点学科：分子医学
校级重点学科：病原生物学、病理学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学
省级优秀课程：病理解剖学、生物化学、组织胚胎学、生理学、人体解剖学
省级精品课程：病理学
综合实验室：机能学科综合实验室、形态学科综合实验室、生物化学与分子生物学实验室、
病原生物学综合实验室、人体解剖学综合实验室和数理与计算机教学综合实验室
省级重点实验室：机能学科综合实验室、形态学科综合实验室
三个研究中心：分子医学研究中心、细胞与发育工程研究中心、神经生物学研究中心
