福建医科大学是较早恢复研究生教育的高校，已为国家培养了700多名毕业研究生。改革开放以来，学校研究生教育获得了较大的发展，现有12个博士学位授权点、45个硕士学位授权点(按三级学科计算)，是国家有权授予临床医学硕士专业学位、口腔临床医学硕士专业的单位，也是国家批准允许向港、澳、台招收研究生、向具有研究生毕业同等学力的在职人员授予硕士学位、招收从应届本科优秀毕业生中推荐免试攻读硕士学位研究生的单位。我校设有以内科学、神经病学和外科学（胸心外)为核心的临床医学一级学科博士后科研流动站。学校现有在校研究生751名，其中博士生51名、硕士生700名。学校办学力量雄厚，现有高级专业技术人员833人，其中，正副教授359人，正副主任医师420多人，博士生和硕士生导师357人，国家有突出贡献中青年专家4人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，福建省优秀专家16人，国家“百千万人才工程”第一、二层次人选2人，享受政府特殊津贴专家93人，福建省“百千万工程人才”人选37人。医学全在线 www.lindalemus.com
我校于1997年9月举办在职人员硕士研究生课程进修班，目前在学学员有852人；已有103名学员以研究生毕业同等学力向我校申请到医学硕士学位。我校又是全国首批临床医学专业学位试点单位之一，去年9月开始举办在职临床医师申请临床医学硕士专业学位研究生课程班，经严格挑选，已从我校各临床学院的在职临床医师中招收学员76名。
学校十分重视科研工作，已有2个福建省“211工程”重点建设学科，8个学校重点学科，8个省科技厅优先发展学科，6个省医学重点专科，5个省领先医疗特色专业，3个省教育厅重点实验室，承担着大量的科研任务，研究成果显著。近五年来，在国内公开学术杂志上发表论文5069 篇，在国外公开学术杂志上发表论文162 篇，并出版学术专著36 本。同期取得国家级科技进步奖2项，部（省)级科技进步二等奖12项，三等奖116 项。目前共承担科研项目162 项，其中国家级 4项，部（省)级125 项。近三年的科研经费达到 2110万元。相关的学科中中高级职务人员的年平均科研经费为1.58万元。医学全在线 www.lindalemus.com
目前，学校有4所大型综合性附属医院和1所附属口腔医院，开展了联体婴儿分离手术、 心脏移植、骨髓移植、肾移植、婴幼儿心内直视手术、射频消融治疗心律失常、经皮冠状动脉腔内成形术、动脉栓塞治疗中晚期肿瘤、脑干肿瘤摘除术、介入性栓塞治疗脑血管畸形及颅内动脉瘤及断肢、指再植等多项新技术。校图书馆是福建省医学科学类藏书最多的图书馆，配备有光盘检索系统和微机专题数据库，是卫生部确定的省级图书文献资料中心馆。
学校通过多种形式对外交流，扩大国际间学术、教学和科技合作。近几年已派出240多名教师、医师赴美、英等20多个国家和地区考察、讲学、进修，同时，还接受了300多名外国及港、澳、台地区的专家、学者来校访问、讲学、科研及其他学术活动。与日本长崎大学医学部正式建立了学术交流与合作关系。
当前，我们正在实施《福建医科大学“十五”计划和2010远景目标》，力争在不久的将来，使我校的研究生教育达到国内同类院校的先进行列。
