大连医科大学药学院的前身是大连医科大学临床药学系，建于1993年，2001年成立药学院。学院设有临床药学专业和药学专业。1993年开始招收临床药学专业的学生，培养从事临床合理用药、治疗、药物监测和临床药学研究的临床药师。学制5年，毕业时授予医学学士学位。临床药学专业为国内第二家、辽宁省首家招生的专业。
自2003年起，药学院开始面向全国招收药学专业学生。药学专业的培养目标为有一定生物学﹑医学基础，掌握药学学科基本理论，有较宽专业知识面, 具有在实践中运用所学知识的初步能力﹑具备从事药物的研究与开发﹑生产﹑检验﹑管理及合理用药的专门人才。学制四年,毕业时授予理学学士学位.
目前药学院有五个教研室,一个学生药学综合实验室,承担药理学、临床药理学、药物代谢动力学、药物分析学、药物化学、药剂学、天然药物化学、生物药剂学、药事管理学多门专业课及专业基础课的教学。目前学院设有药理学、微生物与生化制药2个硕士点，博士生导师1人、硕士生导师14人。我院现有教职工36人，在编教师26人，其中教授10人，副教授6人，讲师7人，助教3人；在编教职工中博士12人，占46.16％；硕士10人，占38.46％；学士4人，占15.38％。实验技术人员7人，其中高级实验师1人，实验师5人。
药学院现有在校生415人，其中临床药学专业309人；药学专业106人。我院毕业生就业形势乐观，市场评价良好。毕业生去向有：德国默克、日本明治制果等著名医药企业、各地药物研究所、各大医院药剂科、高校、出国深造、读研等，多年来临床药学专业毕业生就业率达到100%。
我院现有研究生导师14人，其中博士生导师1人；硕士生导师13人。研究生总人数49人，其中博士生3人；统招硕士生35人；在职申请学位硕士生14人。
药学院不仅在教学质量、教学管理及教学改革等方面取得了优异成绩，而且在稳定的十个科研方向上也取得了长足进步，十个科研方向分别为肝脏药理、肿瘤分子药理、心血管药理、生化药理、神经药理、抗血栓药理、肾脏药理与毒理、药物新制剂及新剂型研究与开发、药物代谢动力学和药物合成及结构改造。曾先后五次主持国家自然科学基金项目以及多项省市科研项目，其科研成果曾多次获得国家省、市级奖励。
