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我校是全国首批具有硕士学位授予权单位之一。1978年开始招收攻读硕士学位研究生，1998年被增列为博士学位授予权单位，1994年开始招收港澳台研究生，1998年被批准为开展同等学力申请硕士学位工作试点单位，2000年被批准为开展临床医学（中医、中西医结合）硕士专业学位工作试点单位，2003年被批准为高校教师在职申请硕士学位培养单位，同年获准设立中医学博士后流动站。我校拥有中医内科学、中医临床基础、中药学、中西医结合临床等4个博士学位点和中医基础理论、中医临床基础、中医诊断学、中医方剂学、中医医史文献学、中医内科学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、中医骨伤科学、针灸推拿学、中医外科学、中西医结合基础、中西医结合临床、内科学、中药学、药理学、生药学等18个硕士学位点。我校共有博士研究生指导教师21名，硕士研究生指导教师150名；我校目前在校全日制研究生培养规模已达346人（不含七年制），其中博士生43人、硕士生303人。另有以同等学力申请硕士学位课程进修班学员311人。我校已培养毕业博士研究生8人，毕业硕士研究生317人。
我校经过迁址重建后，办学条件跃居全国中医药院校的前列。现有分子医学研究所、针灸推拿研究所、耳聋康复研究所、浙江省中医骨伤研究所、中医临床基础研究所、中医心脑血管病研究所、针灸推拿研究所等7个研究所，1个中心测试室，1个动物实验研究中心，免疫实验室、脂代谢实验室、血液细胞分子生物学实验室为国家中医药管理局中医药科研三级实验室，中药新产品制剂、中医心脑血管病、中医血液病、中医脾胃病、实验针灸学等5个省中医药重点实验室，动物实验研究中心为浙江省动物实验研究基地。目前具有中医临床基础和中医内科消化学科两个国家中医药管理局重点建设学科，中医临床基础和中药学为浙江省重点学科，中西医结合临床、针灸推拿学、中医骨伤学、中西医结合基础、中医诊断学为浙江省重点扶植学科，另有省医学和中医药重点学科14个。
我校作为教学研究型大学，积极发展研究生教育，研究生招生的规模逐年扩大。在研究生教育中，构建两个体系：一是高质量、高水平、有特色的研究生教育培养体系；二是招生、培养、就业指导的研究生管理体系。实行研究生教育培养两级管理体制。建立直攻制，积极探索本硕连读和硕博连读的培养方式。扩大在职人员同等学力申请硕士学位和研究生课程进修班的范围和规模，积极开展临床医学硕士专业学位的培养工作，使研究生培养的规格和类型多样化。重视研究生的课程建设和教学改革，尤其突出创新思维、创新能力的培养与教育。强化过程管理，严把质量关，开展综合测评、论文预答辩、论文隐名送审等工作。加强研究生的思想政治工作和日常管理工作，积极开展研究生的学术活动和社团活动，积极开展研究生的助教、助管、助研工作，促进研究生全面健康发展。
研究生质量不断提高，毕业研究生大多成为所在单位科研、教学或临床骨干，有的被评为博士生导师、省级名中医，有的担任全国新世纪教材主编、副主编等，有的研究生在读期间就获得了国家发明专利。1999年，我校研究生处被教育部、国务院学位委员会授予"全国学位与研究生教育管理工作先进集体"荣誉称号。在2002年浙江省学位办组织的学位论文质量抽查中，我校获得了总体优良的好成绩。
浙江中医学院的研究生教育经过奠定基础、稳定发展、逐步完善等阶段，目前已经形成具有一定规模、学科门类比较齐备、学位类型多元化的中医、中药、中西医结合研究生教育体系。
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