上海交通大学基础医学院成立于1989年5月，其前身为创建于1955年8月26日的基础医学部。经过多年的建设，学院已成为全校基础医学的教学、科研、师资培养以及社会服务的基地。
学院现有22个教研室，同时设有生物医学工程系、药学系，联合国世界卫生组织免疫遗传学和免疫病理学合作中心、卫生部法语培训中心、上海市免疫学研究所、上海生物医学工程研究所、上海市生殖医学研究与培训中心、上海第二医科大学基因治疗中心、上海交通大学医学院药物研究所和上海交通大学基础医学研究中心。
学院承担了培养各种学制（三、四、五、七、八年)，各种专业(临床医学、口腔医学、临床医学法语班、生物医学工程、药学、医学检验、护理、公共事业管理等)，各种层次(专科、本科、七年制、研究生)和各种形式（全日制、夜大学)的基础医学教学工作。
学院现有市级重点学科2个, 211重点建设学科3个。自1984年以来，经国务院学位委员会批准先后建立了“生物医学工程学”、“基础医学”和“生物学”3个一级学科博士学位授权点，基础医学、生物学2个博士后流动站，10个二级学科博士学位授权点，13个二级学科硕士学位授权点。博士生导师36名，硕士生导师29名。医学全.在线网.站.提供
细胞生物学为上海市教委重点开放实验室，生殖生物学实验室为上海市科委重点实验室。
学院拥有大型仪器设备包括流式细胞仪、电子显微镜、激光共聚焦显微镜、细胞图象分析仪、核酸蛋白分析仪、色质联用分析仪等。
2004-2006年间，基础医学院获得的国家“973”和“863”项目经费总额514万元，国家自然科学基金项目49项,经费总额606万元，上海市地方政府项目56项，经费总额415万元。其间获奖科研成果4项，在ＳＣＩ收录杂志发表论文64篇。
学院现有教职员工415名，其中正、副教授114名。具有研究生学历的教师占教师总数的60.5%。教师中973首席科学家1人，国家教育部“长江特聘教授”1人，“长江讲座教授”1人，国家有突出贡献中青年专家3人，获国务院特殊津贴专家12人。
