一、重点学科
几年来，按照“保持优势、瞄准前沿、合理布局、重点辐射、渗透互动”的发展方针，重点建设了一批学科，有力地促进了教学与科研的发展。学院重点加强以细胞生物学、分子生物学和免疫学为主的医学前沿学科建设，推动相关学科的发展；着力建设新的学科生长点，扶持发展了神经生物学、药物学等学科。
市级重点学科1个：
基础医学学科
211重点建设学科3个：
免疫学学科
医学细胞生物学学科
医学分子生物学学科
二、重点实验室
上海市教委重点开放实验室：
细胞生物学实验室
上海市科委重点实验室：
生殖生物学实验室
学院拥有大型仪器设备包括流式细胞仪、电子显微镜、激光共聚焦显微镜、细胞图象分析仪、核酸蛋白分析仪、色质联用分析仪等。医学全在线www.med126.com
三、科研成果
2001-2004年间，基础医学院获得的国家“973”和“863”项目经费总额1032万元，国家自然科学基金项目35项,经费总额685.5万元，上海市地方政府项目70项，经费总额1288.5万元。其间获奖科研成果３项，在ＳＣＩ收录杂志发表论文８７篇。
学院注重营造学术氛围，从2004年起建立了定期学术报告制度，受邀作报告的多为国外一流专家，至今已举办近30场。另外，各学科也坚持开展data club等学术交流活动，使各学科的科研氛围也愈加浓郁。
