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南京医科大学第四临床医学院渊源于 “江苏医学院”1953年成立的儿科学教研组。同年，开始招收儿科学五年制本科生。1959年12月成立儿科系。1962年起始招收三年制硕士研究生。1981年“儿科学”被国务院首批批准为硕士学位授予点，1986年又被批准为博士学位授予点。1994年“儿科学”被江苏省政府评为省级重点学科。1999年又被国家教委授予“儿科学博士后流动站”。1999年7月，撤消儿科系，成立第二临床医学院。
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2007年1月，为优化整合临床教育资源，提高办学效益，在原第二临床医学院的基础上，新组建第四临床医学院，其构成为“四院一所”，即附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京妇幼保健院、南京医科大学眼科医院及儿科医学研究所。其中有三所三级甲等医院，学科力量较强，儿科学为江苏省重点学科，神经病学、精神病与精神卫生学、小儿心胸外科为校级重点学科。儿科学、神经病学为博士点，精神卫生学、应用心理学为硕士点。儿科医学研究所下设儿童保健、小儿肾脏病两个研究中心，儿童营养、小儿肾脏病的相关研究处于国内一流水平，为保持专业特色打下了良好基础。学院下设临床医学专业中的四个专业方向，即儿科医学、精神医学、生殖医学、眼视光。
学院现有教研室15个,博士生导师4人，硕士生导师47人，教授15人，副教授48人，研究生97人，七年制学生147人，本科生458人，毕业生总数1423人，整体就业率达96.7%。
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