复旦大学基础医学一级学科建于1927年,在我国医学教育和研究发展史上具有举足轻重的作用,拥有一批我国基础医学学科的创始人和开拓者，如解剖学家张鋆、齐登科等教授；病原生物和免疫学家汤飞凡、林飞卿等教授；病理解剖学和法医学家谷镜汧、张沅昌、陈康颐等教授；生理学和病理生理学家冯德培、徐丰彦、朱益栋教授等。1981年多个学科点被批准为首批博士学位授权点，1988、2002年有多个学科被评为国家重点学科。2007年又被教育部认定为一级学科国家重点学科，现由人体解剖和组织胚胎学、病理学、病原生物学、免疫学、放射医学和法医学及自主设立的蛋白组学,医学信息学等二级学科组成。
多年来，特别是近五年来，在“985工程”、“211工程”的支持下，本学科在人才培养、教学、科研、服务等方面取得了较好成绩:已经形成了一支具有较高学术研究水平、有奉献团结进取精神的优秀学术团队，其中包括在国内外具有较大影响的闻玉梅院士，长江特聘教授和杰出青年基金获得者。在教学方面，注重基础医学与临床医学的结合、手段和技术的革新，主编和参编了20多本教材，其中大型参考书《现代医学微生物学》《现代免疫学》《组织学》等多次荣获国家图书奖,多门课程评为国家级精品课程。在科学研究方面，瞄准学科前沿，结合国情确定研究方向，获得多项基金资助，如“973”和“863”计划、国家自然科学基金、国际合作项目、教育部科学技术重点项目、上海市重大重点项目等研究课题，取得系列研究成果。开展了具有创新性的抗原-抗体复合物型乙肝治疗性疫苗的应用基础研究，完成了符合国际标准的临床II期研究，验证了该治疗型乙肝疫苗的临床治疗效果；表皮葡萄球菌功能基因组学研究在国际权威杂志发表了有影响的论文，获教育部高校发明一等奖。人体解剖与组织胚胎学专业确定视觉及神经的发育与疾病研究、解剖及临床影像的图像处理与计算机辅助手术、生殖及干细胞的基础与临床应用研究等为三大主要方向。免疫学专业以感染性疾病的免疫机制及对策研究、肿瘤免疫的分子与细胞基础、免疫细胞的发育活化及其调节、移植免疫的基础和临床研究等为研究方向，在疫苗分子设计的基础和应用研究方面已在国际上形成特色和影响，在国内领先。放射医学专业在电离辐射旁效应分子机理研究等方面处于国内领先水平，在辐射防护研究方面具有一定的特色。此外，该学科积极开展面向临床和社会的技术服务，如病理学专业承担了大量的病理诊断工作，在华东和东南地区享有很高的学术声誉;放射医学专业是大亚湾和秦山核电站周边环境水中氚监测的指定单位。法医学专业作为全国和上海市司法鉴定中心，每年受理上海市和全国各类案件近万余件，为上海和全国的社会安定及上海市法制建设服务。医学全.在线网.站.提供
近年来，该学科的硬件和平台建设取得重大进展,如病理学专业已初步建成开放式的包括红外、紫外双激光显微切割仪、远程病理会诊系统等设备的平台。病原生物学专业已建成符合国际先进水平的高等级生物安全实验室。该学科拥有的优秀人才团队、丰富的生物医学资源和和良好的设备等为学科的发展奠定了坚实基础。