复旦大学中西医结合一级学科国家重点学科，由中西医结合基础和中西医结合临床这两个国家重点学科所组成。中西医结合基础学科博士点(1981年首批获准)，是全国最早开展中西医结合针刺原理研究的单位之一;1983年成为世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心；1989年起成为全国第一批国家重点学科。该学科在开展中西医结合针刺研究方面，研究内容较集中，科研水平较高，在国内外具有优良声誉。复旦大学中西医结合临床学科也是全国首批博士点，由华山医院、中山医院、肿瘤医院、儿科医院和妇产科医院这五所附院的中西医结合科室组成。早在1961年由沈自尹院士成立脏象研究室; 1985年成立中西医结合研究所。该学科具有基础扎实，覆盖面广，专科性强，支撑条件好的优势。2002年复旦大学即成为全国高校中唯一拥有这两个重点学科的单位,并组成上海医学院中西医结合系。2007年通过全国重点学科考评后，成为中西医结合一级学科国家重点学科。
本学科的主要研究方向：①肾本质研究及其在内科、妇科病方面的临床应用;②中西医结合的代谢病研究;③中西医结合肿瘤学研究;④特发性性早熟发病的病因及中医药治疗机理研究;⑤中西医结合神经病学研究;⑥中西医结合针刺效应的机制研究。医学全在线www.med126.com
本学科经过长期积累，不断开拓创新，形成了自身的研究特色，并取得了显著的成果。本一级学科的多个研究方向如肾本质研究、针刺原理研究、妇科、儿科、肿瘤科的相关研究等，均有长期的积累，研究基础深厚扎实，因而，具有厚积薄发的可持续发展能力，在国内外均有一定的影响。同时在实践中已经开拓了新的研究方向，如代谢病的“气聚”理论及神经病学研究等，这就进一步丰富了一级学科的内涵。多年来先后承担国家973课题、国家自然基金重点及面上课题等，数十次获得国家级及省部级的成果表彰。
中西医结合是中国医学工作者的创举，同时，现代医学与传统医学的整合也已形成世界性的趋势。要坚持走国际化的道路，加强国际交流和合作，敢于在国际舞台上显示我们的成绩。近年来，先后获得多项美国国家卫生研究院（NIH）国际合作研究基金，还与意大利、英国等开展合作研究;在国际SCI系列杂志上发表数十篇学术论文，引起国内外的兴趣和重视。
本学科现有中国科学院院士一名，国务院学位委员会学科评议组召集人一名，中国中西医结合学会副会长一名，还有全国性学会各专业委员会的负责人多名。
本学科的博士生培养在国内一直负有盛名。在历年的全国百篇优秀博士学位论文评审中，包揽了中西医结合一级学科迄今为止的三篇优秀博士论文; 还培养全国优秀博士后一名。