本学科创建于1952年，1980年成为世界卫生组织（WHO）心血管病研究和培训合作中心，2005年被重新认定为WHO心血管病研究和培训合作中心。1988、2002和2007年被连续评为国家重点学科，是“九五”和“十五”“211工程”建设重点学科，“985工程”一期重中之重建设学科。本学科在国内率先开展多种心导管诊断和介入治疗技术，最早施行冠状动脉造影，创建了国内第一个临床心血管病毒研究室；是全国心血管病临床药物试验基地，上海市心血管临床医学中心，上海市心血管病急救中心，上海市超声质量控制中心。
近五年来，通过重点学科建设项目，学科紧紧围绕学科建设目标和研究方向展开工作，以冠心病、心肌缺血、病毒性心脏病及心力衰竭等的发病机理和干预治疗为主攻方向，取得了若干具有创新性的、标志性的研究成果，形成了具有持续创新能力的若干个核心课题。构建了一支年轻有为、富有创新精神的学科梯队和学术团队，其中中国工程院院士1名、特聘教授2名，先后获得省部级各种人才培养基金10余项。医学.全在.线www.med126.com
十五期间，本学科先后获得包括国家“973”计划子课题、“863计划”、国家自然科学基金等各级科研项目38项。获得国家级、各种省部级以上科研成果奖励22项，其中国家科技进步二等奖2项。本学科建有卫生部病毒性心脏病重点实验室，最近又创建了复旦大学干细胞与组织工程研究中心，在干细胞治疗缺血性心脏方面取得重要的研究突破。