复旦大学内科学（传染病）学科由复旦大学附属华山医院（感染科（原传染科）、抗生素研究所）及复旦大学附属公共卫生临床中心组成。本学科创建于1956年，是首批博士点及重点学科，创始人为著名临床医学家戴自英教授。现有卫生部重点开放实验室--抗生素临床药理室、国家认证的P3实验室、国家抗感染新药临床试验研究中心。1988、2002和2007年被连续批准为国家重点学科。
数十年来本学科在诊治具有传播性传染病及非传播性感染病的医疗、教学、科研工作中，以传染病学为依托，融临床微生物学、临床药理学、分子生物学等为一体，形成了学科特色和优势，研究方向有：细菌性感染诊治、抗感染药临床评价及临床药理学研究、细菌耐药性防治、病毒性感染诊治及新发传染病的防治。各研究方向均有较好的研究基础，具很好的延续性。细菌性感染诊治等研究方向处于国内优势地位，公共卫生临床中心具有国内一流的应对新发及突发传染病的硬件条件及人员配备。本学科拥有一批在国内学术界具重要影响的学者，近年来年轻一代成长迅速，学术梯队完整。医学.全在.线www.med126.com
自“六五”以来一直承担科技部的攻关项目，近年来承担多项“863”、“十五”攻关及卫生部临床学科重点项目等课题，2005年牵头科技部“973”项目“人类重要传染病病原体耐药机制的基础研究”。获多项省部级及以上科技进步奖。