复旦大学儿科学学科于1988年、2002和2007年被评为国家重点学科，1997年列入国家“211工程”重点学科，是国家首批硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。本学科形成以新生儿医学、小儿外科学、小儿心血管病学和小儿传染病学等为优势主攻方向的学科特色。是“加拿大/中国新生儿与围产医学国际培训中心”和“卫生部新生儿疾病重点实验室”的依托单位。本学科新生儿专业和小儿外科专业分别为“上海市医学重点学科”和“上海市小儿外科疑难重症临床医学中心”，呼吸急救专业为“上海市领先专业”。
本学科先后拥有陈翠贞、刘湘云、金汉珍、金百祥、宁寿葆、朱启镕等一批享誉全国的著名专家，近年来，拥有以桂永浩、王卫平、孙波、肖现民等一支以中青年为主体、在国内儿科学界占重要学术地位的学科队伍。目前，本学科点是中华医学会儿科分会主任委员、上海儿科学会主任委员和上海小儿外科学会主任委员单位、卫生部儿科住院医师培训基地、卫生部“十一五”规划儿科学本科生教材和研究生教材主编单位。《儿科学》本科生课程被评为教育部国家级精品课程。多人担任《PEDIATRIC RESEARCH》、《PEDIATRICS》、《中华儿科杂志》等国际和国内重要学术期刊的主编、副主编和编委工作，主编《实用新生儿学》、《儿童保健学》、《现代实用儿科学》、《儿科感染病学》和《现代小儿肿瘤学》等数十部专业权威专著。目前承担863、国家科技支撑计划、国家自然科学基金等国家级重大项目31项，近五年，获得省部级以上奖励9项。