神经病学是复旦大学的特色临床学科。华山医院创立神经内科于1950年； 1981年由卫生部批准成立上海医科大学神经病学研究所；并被确认为教育部神经病学博士点；1983年成为WHO神经科学研究和培训合作中心；1992年组建中山医院神经内科；2001年及2007年被评为全国重点学科；是“九五”和“十五”“211工程”重点建设学科。
本学科的主要研究方向有：脑血管病、癫痫、神经免疫与肌病、神经变性及遗传病。著名神经病学家秦震教授为中华医学会第二届神经病学分会副主任委员；吕传真教授为中华医学会第三届神经病学分会主任委员、第四届神经病学分会前任主任委员；学科召集人洪震教授为中华医学会第四届神经病学分会常委、全国癫痫学组组长；学科骨干董强教授为中华医学会第四届神经病学分会委员、全国脑血管病学组副组长、上海医学会神经内科专科委员会副主任委员；学科骨干汪昕教授为中华医学会第四届神经病学分会委员、全国癫痫学组委员。2001年至今获教育部提名国家科技进步一等奖1项、中华医学科技三等奖1项；国家自然科学基金项目8项、科技部十五攻关项目4项；发表SCI论文56篇，其中Lancet Neurology发表1篇，影响因子达11分。
