复旦大学眼科学系由国家一级教授郭秉宽创建，是国家首批硕士、博士学位授予点和博士后流动站，也是国内首批眼科专科医生培训基地之一，已建有卫生部近视眼重点实验室，同时也是复旦大学“211工程 ”重点建设学科。
本学科充分发挥复旦大学多学科综合优势的特色，结合本学科发展的前沿，开展临床眼科及视觉科学研究。经过多年来的建设，在眼科致盲疾病诊治以及视觉通路再建等领域取得了一系列成果，已经初具良好的研究基础和学科优势，临床及研究水平居国内前列，并具有一定的国际影响。拥有临床与基础研究紧密结合、能对外开放的实验室，是国内高层次人才培养及科学研究的重要基地之一。医学全.在线www.lindalemus.com
本学科的研究方向为：基础科研为临床服务，紧紧围绕着维护健全视觉功能这一靶点，将视觉光学和视觉神经通路的功能缺陷及拯救和重建作为研究的两个抓手，研究其发生机制、病理过程，探索其生物学保护和功能重建方法，以及在生物学重建不理想或不可行的情况下，寻找仿生学替代功能，努力完善人的特殊感官功能。
本学科2006年获得一项国家技术发明二等奖；承担了国家自然科学基金面上和重点项目、“973”和“863”课题等多项国家科研任务。