目前学院承担着多项国家自然科学基金重点项目、国家“863”项目、“973”项目、国家科技攻关项目以及省部级科研项目，参与了“九五”和“十五” “211工程”项目的建设。学院近年获国家自然科学二等奖1项，省部级一等奖6项、二等奖16项、三等奖5项，其他奖10余项；近五年获得发明专利44项，发表论文1129篇（其中被SCI收录的648篇)，有1个抗肿瘤一类新药被SFDA批准进入II期临床研究，1个抗肿瘤的一类新药和1个抗癫痫的一类新药被SFDA批准进行临床研究。2009年由学院为牵头单位，联合学校有关新药研发机构和企业，利用药学、基础医学、生命科学、化学、计算机科学等综合学科的优势和坚实的研究基础，整合北大优势资源，组织申请的“北京大学综合性创新药物研究开发技术大平台”通过评审，被列入国家‘十一五’科技重大专项中“重大新药创制”计划资助项目。学院将依托此平台的建设www.lindalemus.com，构建从创新药物发现至新药研发整体环节，包括化学药、中药/天然药、生物技术药在内的创新药物发现与研发体系，以提高学院新药研究的自主创新能力，为国家实现从医药大国到医药强国的转变贡献力量。
学院已建立药物筛选中心、核磁中心、液质中心、生物测试平台、普通化学测试平台等药学分析测试技术平台。拥有600M、500M、400M、300M核磁共振波谱仪、LC-MS液质联用仪、高分辨质谱测试仪、EPS-300型电子自旋共振波谱仪、等离子表面共振仪、计算机辅助药物设计工作站、毛细管电泳仪、全自动高通量药物筛选机器人工作站、高内涵筛选仪、全自动膜片钳系统、石英晶体微天平、全波长扫描式多功能读数仪，小动物成像仪等药物科学研究领域一流的大型测试仪器，为全校科研和教学提供技术保障，并向社会提供测试服务和专业技术培训。
药学院与国际国内科研院所、制药企业有着广泛的合作与交流。与美国 、英国、法国、德国、日本、荷兰等国家及港、澳、台地区等十几所大学或公司建立了友好合作关系，聘请外籍名誉教授4名、客座教授12名，对内、对外交流的扩大和加深促进了药学院整体地位与水平的稳步提高。
北京大学药学院今后几年的奋斗目标是：逐步发展为一所学科齐全、具有国际一流水平的药学院。
