中国科学院武汉病毒研究所座落在武汉市风景秀丽的东湖之滨，始建于1956年，是从事病毒学研究的综合性研究机构。
武汉病毒研究所于2002年进入中国科学院知识创新工程试点序列。根据新时期的办院方针，将战略定位和发展目标确定为：面对国家农业可持续发展、人口健康和国家安全的战略需求；面向病毒学研究领域的国际前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登病毒学研究的科学高峰，为我国农业的可持续发展、人口健康和国家安全作出基础性、战略性和前瞻性贡献。将病毒所建成我国相关领域的重要研究基地、高层次人才培养基地、科学知识传播基地。学科布局上以病毒学为核心，重点开展农业病毒（农业微生物)和医学病毒的研究。通过研究病毒与宿主的相互作用关系，发展病毒（微生物)的控制与利用技术。将分析生物技术作为研究所的技术平台，通过规模分析技术和分子酶工程学等前沿研究，发展适用于病毒学基础研究和实际应用的分析生物技术。通过国家目标与学科前沿的有机结合，形成一种以国家目标带动基础研究的特色研究模式，为我国农业的可持续发展、人口健康和国家安全作出贡献。
病毒所现有科研机构包括分子病毒学研究室、生物防治研究室、分析病原微生物学研究室、中国病毒资源保藏与信息中心；一个国家重点实验室：病毒学国家重点实验室；一个国际联合开放实验室：中、荷、法无脊椎动物病毒学联合开放实验室。
分子病毒学研究室：面向我国人口健康、农业可持续发展及国家安全的战略需求，面向病毒学领域的科学前沿，利用分子病毒学及现代生物技术的研究手段，从病毒基因、基因组、病毒与宿主的相互作用等不同层次，研究病毒感染的分子过程及其伴随的生命现象，揭示病毒感染及其与宿主相互作用的分子机理，发展分子病毒学理论基础，为我国农业的可持续发展，人口健康和国家安全提供强有力的技术支撑。主要学术方向包括人类重要病毒（如免疫缺陷病毒HIV、丙型肝炎病毒HCV、流感病毒、人类巨细胞病毒(HCMV)、肿瘤病毒KSHV等)和新生疾病病毒（如严重急性呼吸道综合症病毒SARS-CoV)的基因变异、致病性、抗病毒药物治疗和机体防御机理的基础和应用基础研究。从分子流行病学，分子生物学、、基因组学、分子免疫学、抗病毒药物筛选和耐药性机制等方面研究病毒感染与抗感染的机理，为有效地预防和治疗病毒性感染提出新思路和新方法；在农业病毒学方面主要研究昆虫病毒感染的分子机理、基因工程改良构建新型高效的病毒杀虫剂和病毒表达系统构建；经济动物（畜禽和水产养殖动物)病毒病源的分离鉴定、致病的分子机理和防御的关键技术的研究。
生物防治研究室：面向我国农业可持续发展的战略需求，开展有害生物防治及污染环境生物治理研究。在昆虫病毒、杀虫微生物、环境微生物和植物病原微生物菌种资源的基础上，开展特异性基因资源的发掘，功能基因的克隆及功能基因组学研究，获得拥有我国自主知识产权的特异性新菌（毒)株和新基因；通过对昆虫分子病理、昆虫的抗性机理、毒素杀虫活性因子、植物病原的致病机理及其信号传导分子的深入研究，为有害生物的生物防治提供新的思路和方法；开展重组微生物和转基因植物研究，研制新型生物杀虫剂，评估重组微生物和转基因植物对环境的安全性影响。发展新的有害生物防治技术，建立和完善以生物防治为主的病虫害综合防治体系。