病毒资源中心：运用传统分类与分子分类相结合技术，建立标准化鉴定技术与保藏方法。开展重要医学病毒的遗传稳定性和分子进化研究，重点开展新生病毒性传染病和重要人畜共患病毒病的分子流行病学调查与病毒溯源研究。
病毒学国家重点实验室：集成了武汉病毒所各研究室中病毒学研究力量，由武汉大学和中国科学院武汉病毒所联合承办。实验室根据科学发展趋势、国家需求和人类健康需要等，瞄准病毒学研究前沿，以引起人类重大和突发性疾病的病毒为主要研究对象，利用分子病毒学及现代生物技术，从病毒、宿主细胞、机体和人群等不同层面，研究病毒感染的分子过程及其伴随的生命现象，揭示病毒免疫、致病、致癌的分子机理以及病毒病的流行规律；完善我国病毒资源与信息库；发展病毒病诊断、预防和治疗的新技术。研究方向定为：① 病毒遗传变异与分子流行病学；② 病毒与细胞相互作用的分子机理；③ 病毒的免疫与致病机理；④ 病毒病的防治基础研究。
研究所拥有激光共聚焦显微镜、扫描电子显微镜、流式细胞仪、毛细管电泳仪、多功能高效液相色谱仪、气相色谱仪、超速离心机、DNA/RNA合成仪、定量PCR扩增仪、凝胶成像系统等现代化科研仪器设备。高等级生物安全实验室P3实验室以及实验动物中心和分析测试中心为科学研究提供强力技术支撑。馆藏图书期刊100万余册。为研究生开展学位论文研究工作开创了良好的条件。对外学术交流频繁，与世界卫生组织、美国、英国、德国、法国、荷兰、丹麦等国际组织和国家建立了良好合作研究关系。现有20多位中外知名学者、专家兼职我所客座研究员。
武汉病毒研究所是1978年恢复研究生招生以来第一批有学位授予权的招生单位。现有微生物学和生物化学与分子生物学两个博士学位和两个硕士学位授予点，博士和硕士研究生导师30余名，在读研究生230余名，其中博士100余名。本所秉承“唯实、求真、协力、创新”的院风，以良好的生活环境、一流的学习和研究条件、丰厚的奖学金，欢迎世界各地优秀的莘莘学子。