医学院始建于1950年，现有临床医学、中医学、中西医临床医学、护理学和药学等五个本科专业。临床医学、中医学和中西医临床医学三个专业学制为5年，护理学、药学两个专业学制为4年，其中临床医学妇产科学专业方向和皮肤性病防治专业方向的办学特色在省内外具有较高的影响。
学院具有招收本科临床医学专业（英语授课)来华留学生资格，从2006年开始招生，采用纯英文授课。学院设有中西医结合一级学科博士学位点，基础医学、临床医学、中西医结合、公共卫生与预防医学、药学、中药学等六个一级学科硕士学位点以及临床医学和中药学等两个专业硕士学位点。中西医结合临床医学为省级重点学科，消化内科、神经内科、心脏内科、血液内科、妇产科、普通外科、骨科、泌尿外科、医学影像科为省级重点临床专科，是卫生部腔镜培训中心、国家心理咨询师职业资格培训基地。目前，学院有全日制本科学生两千余人，硕士、博士研究生近三百人，外国留学生44人。
学院设有基础医学部、临床医学一系、临床医学二系、妇产与生殖医学系、中西医结合学系、护理学系和药学系，拥有江苏省基础医学实验教学示范中心、中央与地方共建临床医学实验中心以及药学综合教学实验室。学院拥有江苏省苏北人民医院、扬州市第一人民医院等七所临床医学院、九所附属医院以及30余所教学实习医院。
学院重视科学研究，近年承担国家高技术发展计划项目、国家重点基础研究发展计划项目、国家自然科学基金项目、省重大招标项目等课题50多项，取得了一批高水平的科研成果，产生了显著的社会效益和经济效益。学院设有《实用临床医药杂志》编辑部，该杂志为全国公开发行的核心学术期刊，连续多年获教育部“中国高校优秀期刊奖”。
学院拥有一支力量比较雄厚、结构比较合理、具有较好素质的师资队伍。现有专任专业教师155 人，具有副高及以上专业技术职务的94人，其中正高专业技术职务者21人（教授17人)，副高专业职称73人（副教授55人)，具有中级专业技术职务的49人(讲师48人)。教师中具有博士学位者28人，具有硕士学位者52人。在编专任专业教师队伍中，有博士生导师1 人，硕士生导师48人，省有突出贡献的中青年专家2人次，全国劳模1人，省“333工程”、省“青蓝工程”培养人选3人次。聘请附属医院兼职教师321人。
