黑龙江中医药大学中医药研究院始建于1994年，前身为黑龙江中医药大学中医药研究部，是由学校的四个研究所整合而成。
中医药研究院现有五个研究所和四个研究室。分别是中医基本理论研究所、中医工程研究所、神经科学研究所、中药药性理论研究所、针灸研究所、中药药效物质研究室、中药质量分析研究室医学全在线www.lindalemus.com、中药现代给药系统研究室和细胞生物学研究室。主要从事中药新药的开发、国家新药的研制以及运用现代科技手段研制开发推广名老中医专家诊断诊疗系统。
中医药研究院成立十多年来科研成果显著，中标的课题均已通过国家和省级鉴定并获得多项科技进步奖：国家新药“龙牙肝泰”的研究已获新药证书，进行科技转化由黑龙江久久药业有限责任公司生产并推向市场，总销售额已达15亿元，实现利税2亿元。
刘树民院长主持的“基于生物标志物及其变化规律的苦寒中药的性效关系研究”获得了2007年度“国家重点基础研究发展计划（973计划)”课题立项资助，获得资助经费240万元 。中医药研究院的专家承担着国家自然科学基金项目、中 国 博士后基金、国家教育部重点项目、黑龙江省杰出青年基金及黑龙江省科技攻关项目、黑龙江省科学基金等20余项，今年科研项目总经费已近400万元。
中医药研究院具有超前的现代科研意识和开拓精神，在完成国家和省计划课题的同时，积极加强横向联合，努力实现科技为社会服务的目的，先后为多家企业研制和开发新药十余种医.学全在线提供www.lindalemus.com，如“排石饮液”、“前列闭尔通”、“中龙肝脾康”、“珍芪降糖胶囊”、“卢痛宁冲剂”、“羚羊降压冲剂”等。在电脑科技时代的今天，运用先进的科技手段，总结研究名老中医专家的经验，研制和开发了中医专家诊疗系统，把中医独特的学术思想和宝贵的临床经验用计算机模拟继承下来，使他们的经验流芳百世造福人类，在社会上取得了良好的影响，其中男性病诊疗系统已通过省级鉴定。同时，作为临床和试验基地，针灸研究所发挥了巨大作用，是国内校际间针灸推拿基础实验、研究合作的有利平台。
