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用人工培养的方法，将病料中的病原分离出来，是诊断鸡的侵袭病最确切的依据之一。通过细菌的分离培养，选出可疑的病原菌，再通过生化试验、血清学诊断和动物接种等方法作出鉴定。
1．病原菌的分离培养
根据采集病料的种类不同，采取不同的方法分离纯培养物。如果病料是病变组织，又是用无菌方法采集的，可将病料直接涂抹在固体培养基平皿上，或用铂耳环钓取少许组织，划线接种于琼脂平面上，生长后，如果细菌形态是一致的，则任选几个菌落移植于琼脂斜面上作鉴定。
如果菌落形态不一致，则应在每种菌落中任选1～2个，移植于琼脂斜面上分别鉴定。如果杂菌太多可采用其它方法进行纯培养；如果病料是粪、呼吸道分泌物等，污染杂菌较多，则根据分离的病原菌特性，采取一些对病原菌无害，但对杂菌有杀灭作用的方法，事先处理材料，以除去杂菌，然后接种培养基，或在培养基中加入一些不妨碍病原菌生长，但对杂菌有抑制作用的抑菌药物，以得到纯的培养物。例如，分离呼吸道分泌物中的结核菌，可先用3％氢氧化钠或4％～6％硫酸处理病料，杂菌被杀死而结核菌不会死亡，接种培养基后，将得到结核菌纯培养物；如果从肠道内容物或从被不产生芽胞的杂菌污染的培养物中分离能形成芽胞的细菌，可将材料或培养物在 80℃加热15分钟。在此温度下不形成芽胞的杂菌将被杀死，形成芽胞的细菌仍可以耐过。取此材料接种培养基，即获得纯培养物；有些污染杂菌的病料和培养物，可以通过易感动物排除杂菌，而得到病原菌纯培养物。
(1)划线分离培养法
此法为常用的细菌分离培养法。平板划线培养法常用的有连续划线法和分区划线法，其目的都是达到使被检材料作适当稀释，以求获得独立单个存在的菌落，防止发育成菌苔，以致不宜鉴别其菌落性状。划线培养的方法是左手持皿，用其左手拇指、食指及中指将皿盖揭成20度左右的角度(角度愈小愈好，以免空气中的细菌进入皿中将培养基污染)。右手持接种环，在火焰上灭菌，将材料少许涂布于培养基边缘，然后将接种环上多余的材料在火焰上烧毁，待接种环冷却后，再与涂材料处轻轻接触，进行划线。划线后置37℃温箱内，24小时后观察菌落生长情况。划线时先将接种环稍稍弯曲，这样易和平皿内琼脂面平行，不致划破培养基。划线中不宜过多地重复旧线，以免形成菌苔。
(2)斜面培养基分离培养法
本法主要用于纯菌的移植，某些鉴别用斜面培养基的接种。
从分离的平皿培养基上，选取可疑菌落移植到斜面培养基上作纯菌繁殖。其方法是右手持接种环，接种环烧灼灭菌，左手打开平皿盖，用接种环挑取所需菌落，然后左手盖上平皿盖，立即取斜面管，将试管底部放在大拇指、食指和中指之间，以右手小指拔去试管棉塞，然后将接种环伸人试管，勿碰及斜面和管壁，直达斜面底部，从斜面底部开始在培养基上划线，向上至斜面顶端为止。管口通过火焰灭菌，再将小指夹持的棉塞塞好。接种完毕，将接种环在火焰上烧灼灭菌后放下，在斜面管壁上注明日期，置37℃培养箱中。
从菌种管移种于斜面培养基时，将两支试管置于左手拇指、食指和中指间，转动两管棉塞，以便接种时容易拔取。使两管口对齐，管身略倾斜，管口靠近酒精灯火焰但不要接触火焰。右手持接种环，在火焰上灭菌后，用右手小指与无名指分别拔去两管棉塞，并将管口进行火焰灭菌。将接种环伸人菌种管内，先在无菌生长的琼脂上接触使其冷却，再挑取菌落后拔出接种环立即伸入另一管斜面培养基上，划线方法同前述。将火焰略烧一下管口再将棉塞塞好。接种环经火焰灭菌放下，经接种的斜面管上注明日期、菌名后，置培养箱内，经37℃培养一定时间后，观察细菌生长情况。
(3)液体培养基分离培养法
方法与斜面培养基接种基本相同。不同的是挑取菌苔后，接种在液体培养基管中，不是划线方式接种，而是将接种环上的菌苔轻轻摩擦在液面部管壁上即可。
(4)半固体培养基穿刺分离培养法
方法上基本与斜面培养基接种相同。用接种环挑取菌苔后，垂直刺入培养基内，从培养基表面一直刺人管底，然后按原方向垂直退出即可。
(5)平板倾注培养法
一般用于病料的细菌量的测定。将被检样作10倍递增稀释，通常作10-1～10-6稀释，然后以灭菌吸管取各级稀释液1毫升，置灭菌平皿中，立即加注已溶化并冷却至50℃左右的营养琼脂培养基，待凝固后置37℃培养24～48／小时，供计数用。
(6)特殊培养基分离法
供分离用的特殊培养基，一般为在培养基中加入适量化学药品、抗生素或染料等，来抑制非目的杂菌的生长，而提高目的菌的检出率。
抑菌作用：有些药品对某些细菌有极强的抑制作用，而对另一些细菌则否，故可利用此种特性进行细菌分离，例如通常在培养基中www.lindalemus.com//www.lindalemus.com/shouyi/zhujiage/zhurou/加入青霉素抑制革兰氏阳性菌的生长，以分离革兰氏阴性菌。染料的抑菌作用有选择性，如结晶紫、龙胆紫、孔雀绿、煌绿等对革兰氏阳性菌的作用敏感，培养基中加1：200000的结晶紫可抑制葡萄球菌的生长；1：5000000的孔雀绿可抑制除结核杆菌外的一般细菌；1：5 000煌绿可抑制大肠杆菌等。故某些培养基中选用某些染料作为特殊成分。亚硒酸钠用于肠道致病菌的分离，因其对大肠杆菌的生长有抑制作用，故能提高粪便和大肠杆菌污染较大的检材的肠道致病菌的检出率。胆盐对革兰氏阳性菌有抑制力，而与枸橼酸钠共用也可抑制大肠杆菌的生长，故肠道致病菌分离的培养基也常用。叠氮酸钠可抑制革兰氏阴性菌，尤其是变形杆菌的生长，在每100毫升的培养基中加入1％叠氮酸钠水溶液2毫升即可。
杀菌作用：将病料如结核病料加入15％硫酸溶液处理，其它杂菌皆被杀死，结核菌因具有抗酸性而存活。
鉴别作用：根据细菌对某种糖的分解能力，通过培养基中指示剂的变化来鉴别某种细菌。例如远藤氏培养基可以用做鉴别大肠杆菌与沙门氏菌。
(7)通过实验动物分离法
当分离某种病原菌时，可将被检材料注射于感受性强的实验动物体内，如结核菌材料注射于豚鼠体内，杂菌不能发育，而豚鼠终必得慢性结核病而死。实验动物死后，取心血或脏器用以分离细菌。有时甚至可得到纯培养。
