伤寒论三阳病的表里次序非常明确，太阳为表、阳明为里、少阳为半表半里。
但是伤寒论各注家对三阴病的表里次序却不太明确。传统上都认为，太阴为表、少阴为半表半里（或里)、厥阴为里（或至阴，最里层)，病到厥阴，就是病到最里层了，就属于最严重的程度了。但是这种解释是错误的。
根据伤寒论阴阳表里的辩证原则，胡希恕先生认为，三阴病的表里次序应该是：太阴为里、少阴为表、厥阴为半表半里。
根据以上原则，太阴的主证为：《伤寒论》第273条“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛。若下之，必胸下结硬”和《伤寒论》第277条“自利不渴者，属太阴，以其脏有寒故也，当温之，宜服四逆辈”，主方为四逆汤。少阴的主证为：《伤寒论》第7条“病有发热恶寒者，发于阳也；无热恶寒者，发于阴也”和第281条“少阴之为病，脉微细，但欲寝也”，主方为麻黄附子细辛汤。厥阴的主证为：《伤寒论》第326条“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之痢不止”和《伤寒论》第329条“厥阴病，渴欲饮水者，少少与之愈”，主方为乌梅丸。
至于张仲景为什么要这样安排《伤寒论》三阳三阴病的次序，胡希恕先生在他的《胡希恕伤寒论讲座》少阴病篇、厥阴病篇（学苑出版社)和《胡希恕经方理论与实践》绪论（中国中医药出版社)两本书中进行了详细的描述，在此不再赘述。
三阳病和三阴病的传递次序都是：由表传半表半里、由半表半里传里、由表传里，这三种类型。因此，三阴病的传递次序是：少阴传厥阴、厥阴传太阴、少阴传太阴。病到太阴，就是最严重的了，这也很好的解释了《伤寒论》第363条“少阴负趺阳者，为顺也”及“胃气存则生，胃气绝必死” 及“一部伤寒论，就是保胃气、存津液”的原则。
同时，三阳病与三阴病之间也有传递的次序：由阳传阴、由阴传阳。也就是：太阳传少阴、少阳传厥阴、阳明传太阴，反之亦然。由阳传阴，就是病进；由阴传阳，就是病退。这种例子，在《伤寒论》中都是有的。
至于为什么《伤寒论》辨少阳病脉证并治、及辨太阴病脉证并治篇的条文这么少，这是因为在辨太阳病脉证并治篇中，已经包含了部分少阳病、太阴病的例子，因此在后面就不再重复了。
伤寒论厥阴病的条文，历来有所争议。根据胡希恕先生、钱超尘先生、李心机先生各自独立的考证，在辨厥阴病脉证并治篇中，只有前4条是厥阴病的条文，后面其余的都是辨厥利呕哕病脉证并治的条文。由于《伤寒论》的流传问题，原本是有单独的辨厥利呕哕病脉证并治一卷的，但是后来被人为的与辨厥阴病脉证并治篇合并在一起了。胡希恕先生在他的《胡希恕伤寒论讲座》厥阴病篇（学苑出版社)和《胡希恕经方理论与实践》绪论（中国中医药出版社)两本书中对此有描述，钱超尘先生在他的《伤寒论文献通考》中进行了详细的考证，李心机先生在他的《伤寒论疑难解读》厥阴病篇与伤寒论传本（人民卫生出版社)中对此进行了详细的考证，在此不再赘述。
那么，厥阴病到底是什么样的呢？从厥阴病篇仅有的4条，以及其半表半里的性质，可以推定厥阴病是寒热错杂、上热下寒的症状。胡希恕先生的弟子冯世纶认为，厥阴病与少阳病病位皆属半表半里，治都须和解为本，但病在半表半里，邪无直接出路，很易出现寒热错杂症情，尤其半表半里阴证厥阴病证会出现寒饮化热证，表现为上热下寒证，因此治疗多以苦辛开降、清上温下，厥阴病的常见方证为：1)乌梅丸 2)柴胡桂枝干姜汤方 3)黄连汤方 4)干姜黄连黄芩人参汤方 5)半夏泻心汤方 6)甘草泻心汤方 7)生姜泻心汤方 8)六物黄芩汤方 9)麻黄升麻汤 10)鳖甲煎丸汤 11)侯氏黑散方 12)黄土汤方 13)王不留行散方。详见《经方传真：胡希恕经方理论与实践（修订版)》。
