众所周知，药性是药物固有的属性，是决定药物功用的内在依据。只有掌握药物的药性，才能从根本上把握药物的功用。因此，药性理论自古以来就是《本草学》极其重要的内容之一，也是临床运用本草治疗疾病的最基本依据。正如张志聪所言：“知其性而用之，则用之有本，神变无方。袭其用而用之，则用之无本，窒碍难通。”（《本草崇原·序》)
药性理论包括四气五味、升降浮沉、归经等三个方面
缪仲淳在《神农本草经疏》中有云：“夫物之生也，必禀乎天，其成也，必资乎地。天布令，主发生，寒热温凉，四时之气行焉，阳也；地凝质，主成物，酸苦辛咸甘淡，五行之味滋焉，阴也。故知微寒微温者，春之气也；大温热者，夏之气也；大热者，长夏之气也；凉者，秋之气也；大寒者，冬之气也。凡言微寒者，禀春之气以生，春气升而生；言温热者，盛夏之气以生，夏气散而长；言大热者，感长夏之气以生，长夏之气化；言平者，感秋之气以生，平即凉也，秋气降而收；言大寒者，感冬之气以生，冬气沉而藏。”
寒热温凉四气，乃天之阴阳，由天生，故随四季而变化；辛甘苦酸咸五味，乃地之阴阳，由地出，故随五行所属而有别。由此可知，四气五味即是阴阳五行的代名词。正如希雍先生谆谆告诫后人云：“气味生成，原本乎是，知其所自，则思过半矣。”
四气五味如此，升降浮沉、归经亦然。吴瑭就曾以“太极”原理来形象地说明药物的升降浮沉作用。 “太极之理”也就是阴阳五行之理。因为任何植物都有生长化收藏的繁育过程，生长为升浮，属阳；收藏为沉降，属阴。故亦具升降浮沉之性。
关于归经，李东垣曾简要地列其纲领云：“东方甲风乙木，其气温，其味甘，在人以胆、肝应之。南方丙热丁火，其气热，其味辛，在人以心、小肠、三焦、包络应之。中方戊湿，其本气平，其兼气温凉寒热，在人以胃应之。己土其本味咸，其兼味辛甘酸苦，在人以脾应之。西方庚燥辛金，其气凉，其味酸，在人以大肠、肺应之。北方壬寒癸水，其气寒，其味苦，在人以膀胱、肾应之。”（《东垣试效方·药象门》)可见，归经是运用阴阳五行理论将药物的四气五味与人体脏腑经络相配属而得来的。
药性理论要用阴阳五行来构建
吴鞠通有云：“凡药有独异之形，独异之性，得独异之名者，必有独异之功能，亦必有独异之偏胜。”“用药治病者，用偏以矫其偏。”唐容川详释曰：“问曰：药者，昆虫土石、草根树皮等物，与人异类，而能治人之病者，何也？答曰：天地只此阴阳二气，流行而成五运，金木水火土为五运，对待而为六气，风寒湿燥火热是也。人生本天亲地，即秉天地之五运六气以生五脏六腑。凡物虽与人异，然莫不本天地之一气以生，特物得一气之偏，人得天地之全耳。设人身之气偏胜偏衰则生疾病，又借药物一气之偏以调吾身之盛衰，而使归于和平则无病矣。盖假物之阴阳以变化人身之阴阳也，故神农以药治病。”（《本草问答·卷上》)近代医家陆晋笙也曾云：“天地间金石草木鸟兽鱼虫，亦得四时阴阳之气以生，惟皆偏而不纯，故取以为药，乃偏以治偏之法。以寒气之药化病气之热，以热气之药化病气之寒……是药之所以能治病者，其原理本乎四时阴阳而来，乃贯彻天人一致之学。”（《景景室医稿杂存》)便言之，乃是缘于传统中医学认为，人与万物皆源于天地阴阳、五运六气，任何疾病的发生都是致病邪气作用于人体引起机体正邪交争，从而导致阴阳气血偏盛偏衰的结果。
本草的治病原理朴实易解
本草的治病原理，其实十分朴实易解，即是借草木金石阴阳之偏性来纠正人体阴阳之偏性，使偏盛或偏衰的阴阳气血重新恢复相对平衡。因此，本草的最根本原理——药性理论也必须建立在阴阳五行理论之上。
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