第二，汲取现代科学的思想方法理论。
中医对现代科学的思想方法理论的远离，给人以落伍之感。即便在当今高等院校授业的中医理论体系里，也无关于思想方法论方面的课程。这使年轻的中医学子无法系统地认识中医的科学性，他们往往只是凭借自己的感触和信念，来坚信中医是科学的，但却始终说不出个所以然来。这是问题的症结所在。
从历史的目光看，中医形成于中国的古代，那时，人类的精确科学十分落后，类似于西医这样的“精确医学”当然不具备产生和发展的科学条件。这既决定了中国的古人们只能创立中医这样的模糊科学，也导致和促进了古人们为治病而努力探索中医这一模糊科学。
另一方面，中国古代是一个重文科轻理科的社会，这种重文轻理的突出表现，就是科举考试的内容均属文科。而导控中国古代学习氛围的，正是科举取仕这种引导人们重文轻理的“应试教育”。这样，精确科学在中国古代的土壤上一直成为短腿，至少形不成氛围。而高度的东方智慧，则使无需精确科学支撑的中医不断发展，以至于足以为民族的健康事业提供保障。就是说，高度发达的中医，也抑制了人们创设西医的思维，是西医之所以成为“西”医的原因。
西医是随着近代科学的蓬勃发展而在西方赢得繁荣发展的，并因植根于西方近代科学而披上“天然科学”的外衣的。而可以为模糊科学的科学性作出科学解释的非决定论思想方法，是在上个世纪下半叶才真正在科学天府扎下根基的，在此之前，要让人们接受模糊科学的思想方法，也实非易事。所以，随着“天然科学”的西医闯进东方这块古老的土地，崇尚科学但却又对科学方法论缺乏全面认识的人们，便自然而然地要把与精确科学思维截然不同的中医推向“伪科学”的序列了！我们不妨看一看方舟子《中医向何处去？》一文中的一段话——
虽然中医已经不可避免地衰落，但是我们仍然有必要深入地分析、揭示中医理论的非科学性和滥用中药的危险性。中医历来就有夸夸其谈、大言不惭的传统，也就是鲁迅所说的“江湖诀”（《华盖集续编·马上日记》)。历史上的许多“名医”其实是“名嘴”。时至今日，这一遗毒仍未消除。这一特征，使得中医理论和方法在今天仍然是医疗欺诈的温床。无数号称能治疗晚期癌症、艾滋病、乙型肝炎的虚假广告都是打着中医的旗号，并利用患者对中医的轻信而得逞的。做这类虚假广告的，不仅仅是江湖郎中，而且也包括正规医院、高校的中医师，甚至是在中医界被视为“泰斗”的人物。
大言欺世毕竟只能得逞于一时，在信息发达的今日更难以持久。靠政策保护、诉诸民族感情，最终也不可能振兴中医。世界上没有哪个国家像中国这样几十年来花费了大量的资源来保护本国的传统医学，但是这并没有让中医获得新生。要求让中医完全回归传统的复古思潮乃是一种倒退，更不可能让中医向前发展。中医的唯一出路是“废医验药”，废弃其非科学的理论体系，用现代医学方法检验中药和其他中医疗法的有效性和安全性。
不管用通行的哪条科学标准来衡量，例如可检验性、可证伪性、可测量性等等，都很容易判断中医理论体系不是科学。一直有人希望取消这些标准，声称这是用西方科学的标准来衡量“东方科学”，这种借口是站不住脚的。科学虽然起源于西方，但是早已传遍全世界，成为全人类的共同财富，并无东西之分。与中医相似的西方传统医术和另类医术同样不被认为是科学，我们并没有采用双重标准。我们要判断某个理论体系是否属于科学，应该采用公认的科学检验标准，而不应该先入为主地认为中医是科学，而倒过来要求改变乃至取消科学的检验标准。如果为了让中医成为科学而去改变、取消科学的检验标准，那么就会模糊、混淆了科学与非科学、伪科学的界限，让风水、占星术、算命等等也跟着变成科学。
应该说，方舟子先生捍卫科学和科研纯洁性的主张值得提倡，其勇于开展科学打假的精神也确实令人为之敬佩，上述认为中医非科学性的评判虽然有些言辞偏激，但也显示了他科学打假的勇气和决心，应该获得理解。至于他对中医非科学性的结论，显然是其思想单单在“精确科学”范畴打转所致，是其自身对科学的思想方法理论之功力不济。但对中医自身来说，事情是明摆着的：要让中医这门古老的科学跻身于现代科学之林而不被轻视和误杀，我们不仅要做到知其然，还要做到知其所以然。这就是要眼观六路耳听八方，积极汲取西学中的思想方法论之成果，向世人阐明西医科学在哪里，中医又科学在哪里，并阐明两者科学精神的不同特点，而无需让人们凭借方先生所说的“民族感情”之类的信念来认定中医的科学性。
