《伤寒论》的六经及方证理论不同于《内经》的六经理论，是一独特的理论体系。其文化根源相同，阴阳、八纲概念相同，但其六经实质有了明确变化，有其明显特点。
(一)《伤寒论》六经来自八纲：我国古代用《易经》、六经解释自然界万事万物，医学当亦不例外，我们虽不能确知张仲景为什么用六经名，但通过分析仲景全书的内容，考证《伤寒论》的撰成，可知《伤寒论》的方证，主要来自《汤液经法》。其书详于八纲辨证和脏腑辨证，而《伤寒》舍弃了脏腑辨证，主用八纲辨证。如《汤液经法》中有五脏大小补泻方39方证，张仲景撰用了这些方证于《伤寒论》中，其方证名不用脏腑名，“但以某药之，以推主为识之义耳。”如《汤液经法》中的小泻脾汤，《伤寒论》改称
四逆汤，看其方名即知该方药温热，治里寒四逆证为主。即注重病症的八纲特点，而不是脏腑功能。
(二)加入半表半里概念：更有所不同的是，张仲景引入了半表半里概念，其确凿的证明是《伤寒论》的第148条：“伤寒五六日，头汗出、微恶寒、手足冷、心下满、口不欲食、大便硬、脉细者，此为阳微结，必有表，复有里也；脉沉亦在里也，汗出为阳微，假令纯阴结，不得复有外证，悉入在里，此为半在里半在外(表)也。脉虽沉紧(细)，不得为少阴病，所以然者，阴不得有汗，今头汗出，故知非少阴也。可与小
柴胡汤，若不了了者，得屎而解。”其前的八纲辨证只有表、里概念，正是由于张仲景把半表半里病位概念，加入八纲辨证中，才产生了六经和六经辨证。
张仲景由八纲加入半表半里理念，使病位变为三，创建六经辨证论治体系，恰好顺应了老子一生二、地法天、人数三──三阴三阳为人之道，也即人法天地阴阳之合和。六经名亦可能即缘于此，但六经的实际内容，当主要是张仲景所总结的提纲和各方证。
(三)凸显八纲概念：《伤寒论》的六经，是指太阳、阳明、少阳和少阴、太阴、厥阴而言。《伤寒论》虽称之为病，其实即是证，而且这些证是用八纲表述的证。基于八纲的说明，所谓表、里、半表半里三者，均属人体患病后，出现的症状在病位的反应。
这里要明确的是，仲景的六经证、伤寒、中风、温病……都是依据人体发病后的症状反应来判定，即不论外邪(风、寒、暑、湿、燥、火)是哪种，侵犯人体后，正邪相争所反应出的症状，而不是依据感受什么邪而患什么病(证)。如太阳病的判定，是依据反应出的症状：脉浮、头项强痛而恶寒，而不依据受了风寒、或风热。太阳病中的伤寒，是依据太阳病又见无汗、脉浮紧，而不是根据感受寒邪；其中风，是依据太阳病又见有汗出恶风，而不是依据只感受了风邪；又如阳明病的判定，主要依据胃家实，而不是感受热邪或燥邪。
简而言之，所谓阴阳、寒热、虚实六者，均属病情的反应。即病情必反应于病位，而病位亦必因病情的反应才表现出来，故无病情则亦无病位，无病位则亦无病情，以是则所谓表、里、半表半里等证，同时都必伴有或阴、或阳、或寒、或热、或虚、或实的为证反应。同理，所谓阴、阳、寒、热、虚、实等证，同时亦都必伴有或表、或里、或半表半里的病位反应。由于寒、热、虚、实从属于阴阳，故无论表、里、或半表半里的病位上，均当有阴、阳两类不同的为证反应，这样三个病位两种病情，其证则为六种基本类型，即所谓六经者。概括地说，《伤寒论》六经的实质，即张仲景在八纲辨证中，加入了半表半里概念，形成的六经辨证论治体系。通过问、望、闻、切，把患者的症状反应归纳整理，辨清六经所属，再进一步辨方证，实施方药对证的治疗，便是经方辨证论治的全过程。
太阳病的实质即病位在表的阳热实证，简称表阳证，治疗主要为发汗解表，主要方证为
桂枝汤、
麻黄汤加减变化的诸多方证；阳明病的实质即病位在里的里热实证，简称里阳证，治疗原则为清解里实热，主要方证为
白虎汤、承气汤、
瓜蒂散等加减变化的诸多方证；少阳病的实质即病位在半表半里的阳实热证，简称半表半里阳证，治疗原则为和解半表半里热，主要方证为
小柴胡汤、
黄芩汤等加减变化的诸多方证；少阴病的实质即病位在表的阴寒虚证，简称表阴证，治疗原则为温阳强壮发表，主要方证为麻黄
附子甘草汤、桂枝附子汤等加减变化的诸多方证；太阴病的实质即病位在里的阴寒虚证，简称里阴证，治疗原则为温里强壮，主要方证为理中汤、四逆汤等加减的诸多方证；厥阴病的实质即病位在半表半里的阴寒虚证，简称为半表半里阴证，治疗原则为温下清上和解半表半里，主要方证为
乌梅丸、柴胡桂枝干
姜汤、
半夏泻心汤等加减变化的诸多方证。可能古人未明其来源真相，或以为与经络有关，或与六经气化有关，遂称之为六经。然读透仲景全书，可知确实与经络无关。六经辨证实即八纲辨证，六经名称本来可废，不过为便于对照仲景原文研究，沿用其名亦未尝不可。病之见于证，必有病位，复有病情，故八纲只具抽象，而六经乃有定型。
特别要注意的是：六经“病”和六经“证”的概念问题，即仲景论述六经都用“……之为病”开首，虽称之为病，实际是证。但后世有不少注家视之为病，即为某一特定专病，如太阳病为太阳经络脏腑病。因而亦强引五运六气学说，如于论中加入“太阳病欲解时从巳至未上。”张志聪注解谓：“午乃太阳中天之时，巳未前后之气交也。夫天有六气，人有六气，人得天时之助，则正气盛而邪病解矣。”乍看五运六气推理貌似合情合理，但临床谁见过，本来是
太阳病证在中午解呢？临床却常见晚上发作太阳病证，覆被而卧、或饮开水而解，其不愈者，第二天症状已变，出现口苦、咽干、或汗出不恶寒，变为少阳病证或阳明病证，哪见待到巳午未解呢？这里关键是把《伤寒论》的六经病，看成了六种具体的病。要知太阳病并不是指某一个别病，而是以脉浮、头项强痛而恶寒等一系列证候为特征的一般常见证，有如
感冒、流感、
肺炎、SARS、伤寒、肠炎等等，于初发病时经常出现的证候。而随着时间的变化、正气与邪气斗争的变化，其证则在变化，有的可能变为少阳病(证)、有的可能变为阳明病(证)、有的可能变为太阴病(证)……并不是说患了太阳病多少天后仍叫太阳病，其病愈偏要等到巳至未。此之理在《伤寒论》原文多有说明，如第97条：“服柴胡汤已，渴者属阳明，以法治之。”是说原本是少阳病小柴胡汤方证，服小柴胡汤后，出现口渴即不再属少阳病，而属阳明病了。如是少阳胆经病，其本病就可能有口渴，又不论原发病时有无口渴皆叫少阳胆病，治疗后出现了口渴仍叫少阳胆病，显然与仲景所称少阳病不同。仲景所称少阳病和阳明病的判定，不是根据病在少阳胆腑和经络，而是根据症状表现、反应。实际《伤寒论》的六经，实为六证，这样自然没必要用五运六气来推理了，六经病证的概念如能取得共识，那么对六经实质的认识也就容易明白了。
